本发明涉及植物育种,尤其涉及一种snp分子标记及其在鉴定植物株高中的应用。
背景技术:
1、小麦(triticum aestivum l.)种植面积广、产量高,是现有重要的粮食作物之一。株高决定小麦的株型和抗倒伏性,是影响产量的重要性状之一。
2、snp(single nucleotide polymorphism,单核苷酸多态性)是指由单个核苷酸变异引起的dna序列多态性,具有基因组分布广泛、遗传稳定性好和适于高通量分析检测等优点。小麦上已开发出9k、55k、90k和660k等snp芯片类型,已被用于遗传多样性和高密度连锁图谱构建等遗传研究。然而,基于芯片的基因分型平台只能用于样本全基因组扫描,用于样本量较多的全基因组扫描时成本较高。kasp (kompetitive allele specific pcr,竞争性等位基因特异性pcr),是基于snp位点开发的分子标记,具有高度稳定性、准确性和低成本等特点,已经被广泛应用于高通量snp分型,尤其在样本量大snp位点少时,kasp的应用更为显著。
技术实现思路
1、为了解决现有技术存在的问题,本发明提供一种snp分子标记及其在鉴定植物株高中的应用。
2、第一方面,本发明提供一种snp分子标记,基于基因组版本号iwgsc refseq v1.0,所述snp位点位于小麦5b染色体第505806276 bp处,多态性是a/g。
3、本发明进一步提供一种snp分子标记,所述snp分子标记包括如seq id.1所示的核苷酸序列,所述核苷酸序列第20位多态性为a/g。
4、第二方面,本发明提供一种kasp引物组合,包括505806276-f1和505806276-f2;
5、所述505806276-f1包括如下核苷酸序列tgcacgttgaaatcccctca;
6、所述505806276-f2包括如下核苷酸序列tgcacgttgaaatcccctcg;
7、所述505806276-r包括如下核苷酸序列ccatgcttggattttcggtagc。
8、进一步地,所述kasp引物组合中的505806276-f1和505806276-f2还可以与荧光标记序列连接,例如fam :gaaggtgaccaagttcatgct,或hex:gaaggtcggagtcaacggatt。
9、第三方面,本发明提供一种试剂盒,所述试剂盒包括所述的snp分子标记,或所述的kasp引物组合。
10、第四方面,本发明提供所述的snp分子标记,或所述的kasp引物组合,或所述的试剂盒在鉴定植物的株高中的应用。
11、本发明进一步提供所述的snp分子标记,或所述的kasp引物组合,或所述的试剂盒在矮秆植物育种中的应用。
12、第五方面,本发明提供一种鉴定植物株高的方法,包括:
13、以待测植物样品的dna为模板,采用所述的kasp引物组合,或所述的试剂盒进行pcr扩增;根据扩增结果判断所述待测植物样品的株高。
14、进一步地,以总体系10μl为计,所述pcr扩增的体系包括:
15、kasp mix(2x) 4~6μl、primer mix 0.12~0.16μl、dna 25~35ng,余量为水;
16、和/或,所述pcr扩增的反应程序包括:
17、95℃ 8~12 min;95℃ 15~25 s,61℃ 60 s,8~12个循环,每个循环退火温度降低0.5~0.7℃;95℃ 15~25 s,55℃ 35~45 s,32~36个循环;25~30℃ 10~20 min。
18、进一步地,所述根据扩增结果判断所述待测植物样品的株高包括:
19、扩增结果中,所述kasp引物组合鉴定基因型为aa的植物,相较于基因型为gg的植物而言,具备更高的株高。
20、进一步地,所述植物为小麦、水稻或玉米中的一种或多种。
21、本发明具备如下有益效果:
22、本发明经过株高的表型差异分析和全基因组关联分析得到一个snp分子标记,该snp分子标记和植物的株高这一表型密切相关,通过对该snp分子标记的多态性进行检测可准确、快速地鉴定植物的株高,针对该位点的标记具有遗传稳定性好、分辨率高、适合高通量检测应用等优点。
23、本发明提供的snp分子标记以及相应的kasp引物组合不仅可以用于植物株高的鉴定,还能够用于提高植物品种的选择效率,缩短育种周期,在培育高品质植物的领域具有重要应用价值。
1.一种snp分子标记,其特征在于,基于基因组版本号iwgsc refseq v1.0,所述snp位点位于小麦5b染色体第505806276 bp处,多态性是a/g。
2.一种snp分子标记,其特征在于,所述snp分子标记包括如seq id.1所示的核苷酸序列,所述核苷酸序列第20位多态性为a/g。
3.一种kasp引物组合,其特征在于,包括505806276-f1、505806276-f2和505806276-r;
4.一种试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括权利要求1或2所述的snp分子标记,或权利要求3所述的kasp引物组合。
5.权利要求1或2所述的snp分子标记,或权利要求3所述的kasp引物组合,或权利要求4所述的试剂盒在鉴定植物的株高中的应用。
6.权利要求1或2所述的snp分子标记,或权利要求3所述的kasp引物组合,或权利要求4所述的试剂盒在矮秆植物育种中的应用。
7.根据权利要求5或6所述的应用,其特征在于,所述植物为小麦、水稻、大麦或玉米中的一种或多种。
8.一种鉴定植物株高的方法,其特征在于,包括:
9.根据权利要求8所述的方法,其特征在于,
10.根据权利要求8或9所述的方法,其特征在于,所述根据扩增结果判断所述待测植物样品的株高包括:
