一种SNP分子标记及其在鉴定植物株高中的应用

专利2026-07-13  11


本发明涉及植物育种,尤其涉及一种snp分子标记及其在鉴定植物株高中的应用。


背景技术:

1、小麦(triticum aestivum l.)种植面积广、产量高,是现有重要的粮食作物之一。株高决定小麦的株型和抗倒伏性,是影响产量的重要性状之一。

2、snp(single nucleotide polymorphism,单核苷酸多态性)是指由单个核苷酸变异引起的dna序列多态性,具有基因组分布广泛、遗传稳定性好和适于高通量分析检测等优点。小麦上已开发出9k、55k、90k和660k等snp芯片类型,已被用于遗传多样性和高密度连锁图谱构建等遗传研究。然而,基于芯片的基因分型平台只能用于样本全基因组扫描,用于样本量较多的全基因组扫描时成本较高。kasp (kompetitive allele specific pcr,竞争性等位基因特异性pcr),是基于snp位点开发的分子标记,具有高度稳定性、准确性和低成本等特点,已经被广泛应用于高通量snp分型,尤其在样本量大snp位点少时,kasp的应用更为显著。


技术实现思路

1、为了解决现有技术存在的问题,本发明提供一种snp分子标记及其在鉴定植物株高中的应用。

2、第一方面,本发明提供一种snp分子标记,基于基因组版本号iwgsc refseq v1.0,所述snp位点位于小麦5b染色体第505806276 bp处,多态性是a/g。

3、本发明进一步提供一种snp分子标记,所述snp分子标记包括如seq id.1所示的核苷酸序列,所述核苷酸序列第20位多态性为a/g。

4、第二方面,本发明提供一种kasp引物组合,包括505806276-f1和505806276-f2;

5、所述505806276-f1包括如下核苷酸序列tgcacgttgaaatcccctca;

6、所述505806276-f2包括如下核苷酸序列tgcacgttgaaatcccctcg;

7、所述505806276-r包括如下核苷酸序列ccatgcttggattttcggtagc。

8、进一步地,所述kasp引物组合中的505806276-f1和505806276-f2还可以与荧光标记序列连接,例如fam :gaaggtgaccaagttcatgct,或hex:gaaggtcggagtcaacggatt。

9、第三方面,本发明提供一种试剂盒,所述试剂盒包括所述的snp分子标记,或所述的kasp引物组合。

10、第四方面,本发明提供所述的snp分子标记,或所述的kasp引物组合,或所述的试剂盒在鉴定植物的株高中的应用。

11、本发明进一步提供所述的snp分子标记,或所述的kasp引物组合,或所述的试剂盒在矮秆植物育种中的应用。

12、第五方面,本发明提供一种鉴定植物株高的方法,包括:

13、以待测植物样品的dna为模板,采用所述的kasp引物组合,或所述的试剂盒进行pcr扩增;根据扩增结果判断所述待测植物样品的株高。

14、进一步地,以总体系10μl为计,所述pcr扩增的体系包括:

15、kasp mix(2x) 4~6μl、primer mix 0.12~0.16μl、dna 25~35ng,余量为水;

16、和/或,所述pcr扩增的反应程序包括:

17、95℃ 8~12 min;95℃ 15~25 s,61℃ 60 s,8~12个循环,每个循环退火温度降低0.5~0.7℃;95℃ 15~25 s,55℃ 35~45 s,32~36个循环;25~30℃ 10~20 min。

18、进一步地,所述根据扩增结果判断所述待测植物样品的株高包括:

19、扩增结果中,所述kasp引物组合鉴定基因型为aa的植物,相较于基因型为gg的植物而言,具备更高的株高。

20、进一步地,所述植物为小麦、水稻或玉米中的一种或多种。

21、本发明具备如下有益效果:

22、本发明经过株高的表型差异分析和全基因组关联分析得到一个snp分子标记,该snp分子标记和植物的株高这一表型密切相关,通过对该snp分子标记的多态性进行检测可准确、快速地鉴定植物的株高,针对该位点的标记具有遗传稳定性好、分辨率高、适合高通量检测应用等优点。

23、本发明提供的snp分子标记以及相应的kasp引物组合不仅可以用于植物株高的鉴定,还能够用于提高植物品种的选择效率,缩短育种周期,在培育高品质植物的领域具有重要应用价值。



技术特征:

1.一种snp分子标记,其特征在于,基于基因组版本号iwgsc refseq v1.0,所述snp位点位于小麦5b染色体第505806276 bp处,多态性是a/g。

2.一种snp分子标记,其特征在于,所述snp分子标记包括如seq id.1所示的核苷酸序列,所述核苷酸序列第20位多态性为a/g。

3.一种kasp引物组合,其特征在于,包括505806276-f1、505806276-f2和505806276-r;

4.一种试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括权利要求1或2所述的snp分子标记,或权利要求3所述的kasp引物组合。

5.权利要求1或2所述的snp分子标记,或权利要求3所述的kasp引物组合,或权利要求4所述的试剂盒在鉴定植物的株高中的应用。

6.权利要求1或2所述的snp分子标记,或权利要求3所述的kasp引物组合,或权利要求4所述的试剂盒在矮秆植物育种中的应用。

7.根据权利要求5或6所述的应用,其特征在于,所述植物为小麦、水稻、大麦或玉米中的一种或多种。

8.一种鉴定植物株高的方法,其特征在于,包括:

9.根据权利要求8所述的方法,其特征在于,

10.根据权利要求8或9所述的方法,其特征在于,所述根据扩增结果判断所述待测植物样品的株高包括:


技术总结
本发明涉及植物育种技术领域,尤其涉及一种SNP分子标记及其在鉴定植物株高中的应用。所述SNP分子标记位于小麦5B染色体第505806276 bp处,多态性是A/G。本发明经过株高的表型差异分析和全基因组关联分析得到一个和植株的株高相关的SNP分子标记,并且针对该SNP分子标记设计相应的KASP引物组合。本发明提供的SNP分子标记以及KASP引物组合可以准确、快速地鉴定植物的株高,在植物株高相关的育种领域中具有重要意义。

技术研发人员:刘少帅,耿帅锋,李爱丽,毛龙,付明雪,车育青
受保护的技术使用者:中国农业科学院作物科学研究所
技术研发日:
技术公布日:2024/11/11
转载请注明原文地址: https://tieba.8miu.com/read-22664.html

最新回复(0)