一种结核分枝杆菌检测中的数据分析方法与流程

专利2025-12-20  9


本发明涉及一种结核分枝杆菌检测中的数据分析方法,属于基因检测。


背景技术:

1、结核病(tuberculosis,tb)与结核分枝杆菌(mycobacterium tuberculosis,mtb):结核病是一种常见并可致命的慢性传染病,人类结核病主要由结核分枝杆菌复合群(mtbc)引起。潜伏期的tb不表现任何症状,但是一旦发展成为活动性疾病(约10%)便会变得极具危险性且具有传染性,若不能给予及时有效的治疗,活动性结核病的死亡率高达66%。

2、结核耐药:由于mtb细胞壁的特殊结构和化学成分,有效的结核病治疗很困难,且病人需要长期服药。目前治疗活动性结核病的主要方法是多种抗生素联合用药以减少抗生素耐药性的产生。即便如此,治疗不充分、治疗方案缺乏依从性、使用劣质药物等因素仍可能导致治疗期间继发耐药性的产生。

3、结核病死亡率较高,而早期快速、有效的病原学诊断对即时治疗结核病、减少病死率和后遗症极其重要。sanger测序检测以及目前结核耐药诊断的金标准“培养药敏试验”都具有周期长的缺陷,无法提供实时有效信息,容易耽误治疗时间;借助探针的ngs手段操作较为繁琐也相对比较耗时。


技术实现思路

1、本发明提供了一种能够同时覆盖结核分枝杆菌16种治疗药物的17个耐药基因的检测方法,本方法中首先通过mpcr的方法获得目的基因的扩增片段,再经过扩增子片段化处理,并通过ngs测序,能够快速检测出上述关键耐药位点的突变情况,并且具有保守性好的优点,能够对目前已知明确的结核分枝杆菌耐药基因实现有效的扩增和检测。技术方案是:

2、一种用于结核分枝杆菌的耐药位点检测的mpcr引物组,其中包括核苷酸序列如seq id no.1-36所示的引物对。

3、还包括核苷酸序列如seq id no.37-42所示的引物对。

4、包含上述引物组的试剂盒。

5、所述的试剂盒中还包括核酸片段化酶。

6、上述的mpcr引物组在制备结核分枝杆菌耐药基因突变检测试剂盒中的应用。

7、一种结核分枝杆菌耐药基因突变的检测方法,包括如下步骤:

8、步骤1,对样本进行去宿主处理后,进行裂解,再提取核酸;

9、步骤2,采用mpcr引物组进行多重pcr反应,获得扩增子;

10、步骤3,对扩增子进行酶切法片段化处理后,末端修复及加a,并连接接头;

11、步骤4,进行高通量测序。

12、所述的步骤3中,片段化处理中采用片段化酶,使mpcr扩增产物打断到50-300bp左右的长度。

13、所述的步骤4中,测序采用se50方法。

14、所述的步骤4中,采用华大mgi200测序平台,并且接头序列如seq id no.43、47、48、46所示。

15、所述的步骤4中,还包括对同批次的其他测试项目样本数据进行分析,若发现其他项目中存在结核分枝杆菌,并且不存在上述的tgctta标签序列时,则认为这些其他项目中的结构分枝杆菌是其本身存在的,不是由于样本污染导致。

16、所述的样本选自肺泡灌洗液、痰液、胸腹水、拭子(口咽拭子、面颊拭子等)、血沉淀、脓液、胆汁、肾脏灌洗液、心包积液、关节液、脑脊液、全血、引流液、穿刺液、新鲜组织、粪便。

17、有益效果

18、本发明的检测方法的优点包括:1)涵盖耐药药物种类和突变位点多,能够同时对16种结核治疗药物对应的17个结核耐药突变相关基因进行同时快速检测。2)本方法使用了mpcr、扩增子片段化以及ngs测序,能够快速地实现对相关位点区域进行检测。3)本方法具有更好的保守性,通过对大量的样本进行分析,筛除掉其中的snp位点,对现有报道的结核分枝杆菌都能够进行有效的扩增和检测。4)本方法中通过设计特定的标签序列并加入至接头中,该接头序列并不存在于结核分枝杆菌中,可以实现对同批次其他项目样本进行污染分析,并且该接头序列对检测结果无影响。



技术特征:

1.一种结核分枝杆菌耐药基因突变的检测中同批次的其他测试项目样本数据分析方法,其特征在于,包括如下步骤:

2.根据权利要求1所述的样本数据分析方法,其特征在于,结核分枝杆菌耐药基因突变的检测中包括如下步骤:

3.根据权利要求2所述的样本数据分析方法,其特征在于,测序采用se50方法。

4.根据权利要求2所述的样本数据分析方法,其特征在于,采用华大mgi200测序平台,并且接头序列如seq id no.43、47、48、46所示。

5.根据权利要求2所述的样本数据分析方法,其特征在于,所述的样本选自肺泡灌洗液、痰液、胸腹水、拭子(口咽拭子、面颊拭子等)、血沉淀、脓液、胆汁、肾脏灌洗液、心包积液、关节液、脑脊液、全血、引流液、穿刺液、新鲜组织、粪便。


技术总结
本发明涉及一种结核分枝杆菌检测中的数据分析方法,属于基因检测技术领域。本方法中通过设计特定的标签序列并加入至接头中,该接头序列并不存在于结核分枝杆菌中,可以实现对同批次其他项目样本进行污染分析,并且该接头序列对检测结果无影响。

技术研发人员:邵阳,陈绅,蒋文,刘思思,朱淼,李慧芳
受保护的技术使用者:迪飞医学科技(南京)有限公司
技术研发日:
技术公布日:2024/11/11
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