本发明属于分子生物学检测，具体涉及一种检测牦牛生长性状的结构变异分子标记及其应用。
背景技术：
1、遗传标记在遗传学的建立和发展过程中具有举足轻重的作用，随着遗传学的进一步发展和分子生物学的异军突起，遗传标记先后相应经历了形态标记、细胞学标记、生化标记和dna分子标记四个发展阶段。dna分子标记是dna水平遗传变异的直接反映，其多态性高、数量多，且标记表现为显性或共显性，因而其理论与应用价值不可估量。在畜禽育种中，通过对生长性状密切相关，并且与数量性状紧密关联的dna标记的选择，可达到早期选种和提高育种值准确性的目的，从而在畜禽育种中获得更大的遗传进展。
2、结构变异(structural variation，sv)的类型比较多，根据sv的不同类型，结构变异可以进一步分为50bp以上的长片段序列插入、缺失、反转、染色体内易位、染色体间易位、拷贝数变异以及一些形式更为复杂的变异，是影响动物表型多样性和适应性进化的主要因素之一，可通过多种机制对机体进行调节，如基因剂量和转录结构的改变。
3、第二代测序技术(next-generation sequencing)已经彻底改变了基因组的研究，现已完成大量物种的全基因组测序与组装，高质量参考组的公布也为基因组sv的鉴定提供了研究基础。现主要的二代测序技术平台包括roche公司的454技术、illumina公司稍微solexa/hiseq技术和abi公司的solid技术。在二代测序的过程中，单个dna分子必须扩增成由相同dna组成的基因簇，然后进行同步复制，来增强荧光信号强度从而读出dna序列；随着读长增长，基因簇复制的协同性降低，碱基测序质量也随之下降，这也限制了二代测序的读长(不超过500bp)。第二代测序技术具有成本低、通量高、速度快的特点，目前已广泛应用在基因组sv鉴定的研究中。
4、本发明提供了一种检测牦牛生长性状的结构变异分子标记及其应用，对选择性育种具有一定的指导意义，可将其作为牦牛生长性状筛选的辅助分子标记。
技术实现思路
1、针对现有技术存在的问题，本发明提供了一种检测牦牛生长性状的sv分子标记及其应用。
2、具体包括以下内容：
3、第一方面，本发明提供了一种检测sv分子标记的试剂在检测牦牛生长性状中的应用，所述sv分子标记位于牦牛基因组bosgru_v3.0版本1号染色体18453519-18453662位，ncb i号：gca_005887515.1；所述sv分子标记存在三种基因型ii、id和dd；
4、其中，以牦牛的基因组dna为模板，通过pcr扩增sv分子标记，扩增出1031bp一种条带，将基因型定义为纯合插入型ii型；扩增出1031bp和887bp两种条带，将基因型定义为杂合型id型；扩增出887bp一种条带，将基因型定义为纯合缺失型dd型。
5、优选地，所述牦牛生长性状包括牦牛6月龄体长、6月龄胸围、18月龄体长。
6、优选地，6月龄体长和6月龄胸围性状中id型和dd型优于ii型；18月龄体长性状中dd型优于id型和ii型。
7、优选地，所述试剂包括用于扩增所述sv分子标记的引物对。
8、优选地，所述sv分子标记的基因序列如seq id no.1所示。
9、优选地，所述引物对为：
10、上游引物：5’-aacacccagtgtcaagagcc-3’；
11、下游引物：5’-caaatgccccgggctaaaag-3’。
12、优选地，实现检测牦牛生长性状的方法包括：
13、以牦牛的基因组dna为模板，通过pcr扩增sv分子标记的基因序列；
14、根据扩增结果，扩增出1031bp的一种条带，将基因型定义为ii型；扩增出1031bp和887bp的两种条带，将基因型定义为id型；扩增出887bp一种条带，将基因型定义为dd型；
15、其中，6月龄体长和6月龄胸围性状中id型和dd型优于ii型；18月龄体长性状中dd型优于id型和ii型。
16、第二方面，本发明提供了一种检测sv分子标记的试剂在牦牛生长性状早期选育中的应用，所述sv分子标记位于牦牛基因组bosgru_v3.0版本1号染色体18453519-18453662位，ncbi号：gca_005887515.1；所述sv分子标记存在三种基因型ii、id和dd；
17、其中，以牦牛的基因组dna为模板，通过pcr扩增sv分子标记，扩增出1031bp一种条带，将基因型定义为纯合插入型ii型；扩增出1031bp和887bp两种条带，将基因型定义为杂合型id型；扩增出887bp一种条带，将基因型定义为纯合缺失型dd型。
18、优选地，所述牦牛生长性状包括牦牛6月龄体长、6月龄胸围、18月龄体长。
19、优选地，6月龄体长和6月龄胸围性状中id型和dd型优于ii型；18月龄体长性状中dd型优于id型和ii型。
20、优选地，所述试剂包括用于扩增所述sv分子标记的引物对。
21、优选地，所述sv分子标记的基因序列如seq id no.1所示。
22、优选地，所述引物对为：
23、上游引物：5’-aacacccagtgtcaagagcc-3’；
24、下游引物：5’-caaatgccccgggctaaaag-3’。
25、优选地，实现牦牛生长性状早期选育的方法包括：
26、以牦牛的基因组dna为模板，通过pcr扩增sv分子标记的基因序列；
27、根据扩增结果，扩增出1031bp的一种条带，将基因型定义为ii型；扩增出1031bp和887bp的两种条带，将基因型定义为id型；扩增出887bp一种条带，将基因型定义为dd型；
28、其中，6月龄体长和6月龄胸围性状中id型和dd型优于ii型；18月龄体长性状中dd型优于id型和ii型。
29、选取id型和dd型进行6月龄体长和6月龄胸围性状的早期选育；选取dd型进行18月龄体长性状的早期选育。
30、结合上述的所有技术方案，本发明所具备的优点及积极效果为：
31、本发明首先提供了一种检测牦牛生长性状的sv分子标记，所述sv分子标记长度为144bp(seq id no.1所示)，位于牦牛基因组bosgru_v3.0版本1号染色体18453519-18453662位，ncbi号：gca_005887515.1；所述sv分子标记存在三种基因型ii、id和dd；以牦牛的基因组dna为模板，通过pcr扩增sv分子标记，如果只扩增出1031bp的一种条带，将基因型定义为ii型；当扩增出1031bp和887bp的两种条带，将基因型定义为id型；如只扩增出887bp一种条带，将基因型定义为dd型；
32、其次，本发明以待测牦牛个体的基因组dna为模板，利用pcr扩增sv分子标记的基因序列，根据对上述区域内sv的检测及其与牦牛生长性状的关联分析，发现sv分子标记与牦牛6月龄体长、6月龄胸围、18月龄体长显著相关，可作为牦牛分子育种中生长性状选择的分子标记；
33、同时，本发明方法不仅简单，快速，便于推广应用，而且有利于加快牦牛分子标记辅助选择育种工作。
1.检测结构变异(sv)分子标记的试剂在检测牦牛生长性状中的应用，其特征在于，所述sv分子标记位于牦牛基因组bosgru_v3.0版本1号染色体18453519-18453662位，ncbi号：gca_005887515.1；所述sv分子标记存在三种基因型ii、id和dd；其中，以牦牛的基因组dna为模板，通过pcr扩增sv分子标记，扩增出1031bp一种条带，将基因型定义为纯合插入型ii型；扩增出1031bp和887bp两种条带，将基因型定义为杂合型id型；扩增出887bp一种条带，将基因型定义为纯合缺失型dd型。
2.检测sv分子标记的试剂在牦牛生长性状早期选育中的应用，其特征在于，所述sv分子标记位于牦牛基因组bosgru_v3.0版本1号染色体18453519-18453662位，ncbi号：gc a_005887515.1；所述sv分子标记存在三种基因型ii、id和dd；其中，以牦牛的基因组dna为模板，通过pcr扩增sv分子标记，扩增出1031bp一种条带，将基因型定义为纯合插入型ii型；扩增出1031bp和887bp两种条带，将基因型定义为杂合型id型；扩增出887bp一种条带，将基因型定义为纯合缺失型dd型。
3.如权利要求1或2所述的应用，其特征在于，所述牦牛生长性状包括牦牛6月龄体长、6月龄胸围、18月龄体长。
4.如权利要求3所述的应用，其特征在于，6月龄体长和6月龄胸围性状中id型和dd型优于ii型；18月龄体长性状中dd型优于id型和ii型。
5.如权利要求1或2所述的应用，其特征在于，所述试剂包括用于扩增所述sv分子标记的引物对。
6.如权利要求5所述的应用，其特征在于，所述sv分子标记的基因序列如seq id no.1所示。
7.如权利要求6所述的应用，其特征在于，所述引物对为：
8.如权利要求1所述的应用，其特征在于，实现检测牦牛生长性状的方法包括：
9.如权利要求2所述的应用，其特征在于，实现牦牛生长性状早期选育的方法包括：
