本发明涉及可用于诱导对牙龈卟啉单胞菌(p.gingivalis)的免疫应答的嵌合多肽、包括所述嵌合多肽的组合物以及其用于预防和治疗牙龈卟啉单胞菌相关病状和疾病的用途。相关申请本技术要求澳大利亚临时申请au 2022900103的优先权，所述澳大利亚临时申请的完整内容特此通过引用并入。
背景技术：
1、如果牙菌斑在牙龈(gingival或gum)边缘处积聚在牙齿周围，会引起牙龈炎症(牙龈炎)。慢性牙龈炎可使牙周袋的底部出现牙周病原体牙龈卟啉单胞菌(porphyromonasgingivalis或p.gingivalis)，引起慢性感染和重度疾病的发展。这种重度牙周病被称为牙周炎，并且可以通过免疫系统消除感染的方法导致牙齿脱落。
2、慢性牙周炎是一种牙齿的支持组织的炎性疾病，导致牙槽骨的再吸收并最终导致牙齿脱落。所述疾病是所有社会的主要公共卫生问题，并且估计影响至多30％的成人群体，其中重度形式影响12-15％的成人群体。
3、三分之一的成人患有中度至重度牙周炎。根据流行病学调查，牙周炎与炎性疾病(包含心血管疾病、某些癌症、早产、类风湿性关节炎和痴呆)的风险增加有关。最近的研究将牙龈卟啉单胞菌的慢性感染与痴呆和类风湿性关节炎联系起来。例如，在一项研究中，96％的阿尔茨海默氏病(alzheimer's disease，ad)脑样品显示存在牙龈卟啉单胞菌。另一项研究表明，具有牙龈卟啉单胞菌的小鼠的慢性口腔感染引起了与人的ad相关的脑斑块，并且牙龈卟啉单胞菌蛋白酶可以切割淀粉样前体和τ蛋白以形成与ad相关的斑块和缠结。
4、据报道，许多毒力因子有助于牙龈卟啉单胞菌的致病性，包含：lps、菌毛、血凝素、溶血素和细胞外水解酶(尤其是arg-x和lys-x特异性蛋白酶)，也称为“牙龈卟啉单胞菌牙龈蛋白酶”。
5、公共卫生问题的重要性使得需要一种对牙龈卟啉单胞菌感染提供强保护性应答的疫苗以及提供所述疫苗的方法。
6、一个问题是，在有大量毒力因子可供选择的情况下，尚不清楚如何获得对牙龈卟啉单胞菌感染的强保护性应答。
7、目前还没有商业上批准的疫苗用于预防或降低牙龈卟啉单胞菌感染的发生率和/或严重程度，或用于治疗受试者的牙龈卟啉单胞菌感染和疾病。
8、因此，需要替代性和/或经改进的方法来设计和制备牙龈卟啉单胞菌疫苗，以及由牙龈卟啉单胞菌产生的替代性和/或经改进的疫苗。
9、本说明书中对任何现有技术的引用并不表示承认或暗示此现有技术构成任何管辖区内的共同常识的一部分，也不表示此现有技术可以被本领域的技术人员合理地理解、视为与其它现有技术相关和/或相组合。
技术实现思路
1、本发明提供了一种用于诱导对牙龈卟啉单胞菌的免疫应答的嵌合或融合蛋白，所述蛋白包括第一多肽和第二多肽，其中：
2、a)所述第一多肽包括牙龈卟啉单胞菌的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的活性位点的氨基酸序列或与其至少80％相同的序列或由其组成；并且
3、b)所述第二多肽包括牙龈卟啉单胞菌的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的粘附素结构域的氨基酸序列或由其组成；
4、其中所述第二多肽包括一个或多个粘附素结合基序(abm)的序列，优选地其中所述abm与牙龈卟啉单胞菌牙龈蛋白酶的duf2436结构域与经切割的粘附素结构域(cad)之间的所述abm中的一些或全部abm相对应；
5、优选地其中所述一个或多个abm包括如seq id no:15或20(abm2)和/或seq idno:17或21(abm3)中所示的序列或与其至少80％相同的序列，
6、更优选地其中所述一个或多个abm包括如seq id no:15或20(abm2)、seq id no:14或19(abm1)和/或seq id no:17或21(abm3)中所示的序列或与其至少80％相同的序列，
7、最优选地其中所述一个或多个abm包括seq id no:16或seq id no:18或22或seqid no:27、63或64中的任一者中所示的序列或与其至少80％相同的序列；并且
8、其中所述第二多肽包括经切割的粘附素结构域(cad)的序列的部分或全部，优选地具有seq id no:12或13中所示的氨基酸序列的cad的序列或与其至少80％相同的序列的部分或全部，
9、并且其中：
10、a)所述第二多肽包括与arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的duf2436结构域的全长基本上相对应的氨基酸序列，优选地如seq id no:23中所示，或与其至少80％相同的序列；和/或
11、b)所述第二多肽包括与对应区中的天然存在的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶序列相比，所述粘附素结构域中的一个或多个半胱氨酸氨基酸取代；和/或
12、c)所述第二多肽包括一个或多个选自以下的氨基酸基序取代：
13、i)与seq id no:14或19(abm1)的序列的残基6至9相对应或位于等效于所述残基的位置处的序列pxxn中的脯氨酸和/或天冬酰胺残基的取代；
14、ii)与seq id no:14或19(abm1)的序列的残基2至5相对应或位于等效于所述残基的位置处的序列中的基序nxfa变为sxyq的取代；
15、iii)与seq id no:15或20(abm2)的位置5处的残基相对应或位于等效于所述残基的位置处的第二酪氨酸残基以及与seq id no:14或19(abm1)的位置23处的残基相对应或位于等效于所述残基的位置处的色氨酸残基变为丙氨酸残基的取代。
16、优选地，所述嵌合或融合蛋白包括一种或多种另外的多肽，所述一种或多种另外的多肽包括牙龈卟啉单胞菌的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的活性位点的氨基酸序列或与其至少80％相同的序列或由其组成。包括牙龈卟啉单胞菌的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的活性位点或由其组成的所述一种或多种另外的多肽可以位于所述第一多肽的n末端、所述第一多肽的c末端、所述第二多肽的n末端或所述第二多肽的c末端。在某些实施例中，可以存在至少两种另外的多肽，所述至少两种另外的多肽包括牙龈卟啉单胞菌的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的活性位点的氨基酸序列或与其至少80％相同的序列或由其组成。在此类实施例中，所述两种另外的多肽可以位于所述第二多肽的n末端、所述第二多肽的c末端或所述第二多肽的n和c末端。
17、所述一种或多种另外的多肽可以与所述嵌合或融合蛋白的所述第一多肽或所述第二多肽连接，优选地通过不超过50个氨基酸的接头，或者与所述第一多肽或所述第二多肽直接连接。
18、在任何实施例中，所述第一多肽包括选自以下的组的氨基酸序列或由其组成：seqid no:1至11，或与其至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同的序列。
19、所述一种或多种另外的多肽优选地包括选自以下的组的氨基酸序列或由其组成：seq id no:1至11，或与其至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同的序列。
20、在任何实施例中，包括牙龈卟啉单胞菌的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的活性位点的氨基酸序列或由其组成的所述第一多肽和所述另外的多肽包括至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同的氨基酸序列或由其组成，或者其中所述氨基酸序列是相同的。所述第一多肽和所述另外的多肽可以源自异源牙龈蛋白酶的活性位点(例如，来自牙龈卟啉单胞菌的不同菌株的牙龈蛋白酶)。所述第一多肽和所述另外的多肽可以具有源自不同的牙龈蛋白酶的氨基酸序列(例如，其中所述多肽中的一种多肽具有来自kgp的活性位点的氨基酸序列，并且另一种多肽具有来自rgp的活性位点的氨基酸序列；或可替代地，其中所述多肽中的一种多肽具有来自rgpa的活性位点的氨基酸序列，并且另一种多肽具有来自rgpb的活性位点的氨基酸序列)。
21、在第一方面，本发明提供了一种用于诱导对牙龈卟啉单胞菌的免疫应答的嵌合或融合蛋白，所述蛋白包括与第二多肽连接的第一多肽，其中：
22、a)所述第一多肽包括牙龈卟啉单胞菌的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的活性位点的氨基酸序列或与其至少80％相同的序列或由其组成；并且
23、b)所述第二多肽包括牙龈卟啉单胞菌的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的粘附素结构域的氨基酸序列或由其组成；
24、其中所述第二多肽包括一个或多个粘附素结合基序(abm)的序列，优选地其中所述abm与牙龈卟啉单胞菌牙龈蛋白酶的duf2436结构域与经切割的粘附素结构域(cad)之间的所述abm中的一些或全部abm相对应；
25、优选地其中所述一个或多个abm包括如seq id no:15或20(abm2)和/或seq idno:17或21(abm3)中所示的序列或与其至少80％相同的序列，
26、更优选地其中所述一个或多个abm包括如seq id no:15或20(abm2)、seq id no:14或19(abm1)和/或seq id no:17或21(abm3)中所示的序列或与其至少80％相同的序列，
27、最优选地其中所述一个或多个abm包括seq id no:16或seq id no:18或22中的任一者中所示的序列或与其至少80％相同的序列；
28、并且其中：
29、a)所述第二多肽包括与arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的duf2436结构域的全长基本上相对应的氨基酸序列，优选地如seq id no:23中所示，或与其至少80％相同的序列。
30、如本文所使用的，与duf2436结构域的全长基本上相对应的氨基酸序列或与其至少80％相同的序列是指占arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的duf2436结构域的长度的至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的序列。
31、在优选的实施例中，arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的duf2436结构域的氨基酸序列是seq id no:23中所示的序列，或者是与其至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同的序列。
32、最优选地，所述第二多肽包括seq id no:33中所示的序列或与其至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同的序列或由其组成。在替代性实施例中，所述第二多肽包括seq id no:59中所示的序列或与其至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同的序列。在替代性实施例中，所述第二多肽包括seq id no:61中所示的序列或与其至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同的序列。
33、优选地，所述嵌合或融合蛋白包括一种或多种另外的多肽，所述一种或多种另外的多肽包括牙龈卟啉单胞菌的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的活性位点的氨基酸序列或与其至少80％相同的序列或由其组成。包括牙龈卟啉单胞菌的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的活性位点或由其组成的所述一种或多种另外的多肽可以位于所述第一多肽的n末端、所述第一多肽的c末端、所述第二多肽的c末端的所述第二多肽的n末端。所述一种或多种另外的多肽可以与所述嵌合或融合蛋白的所述第一多肽或所述第二多肽连接，优选地通过不超过50个氨基酸的接头，或者与所述第一多肽直接连接。
34、在任何实施例中，所述第一多肽包括选自以下的组的氨基酸序列或由其组成：seqid no:1至11，或与其至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同的序列。
35、所述一种或多种另外的多肽优选地包括选自以下的组的氨基酸序列或由其组成：seq id no:1至11，或与其至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同的序列。
36、在任何实施例中，包括牙龈卟啉单胞菌的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的活性位点的氨基酸序列或由其组成的所述第一多肽和所述另外的多肽包括至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同的氨基酸序列或由其组成，或者其中所述氨基酸序列是相同的。所述第一多肽和所述另外的多肽可以源自异源牙龈蛋白酶的活性位点(例如，来自牙龈卟啉单胞菌的不同菌株的牙龈蛋白酶)。所述第一多肽和所述另外的多肽可以具有源自不同的牙龈蛋白酶的氨基酸序列(例如，其中所述多肽中的一种多肽具有来自kgp的活性位点的氨基酸序列，并且另一种多肽具有来自rgp的活性位点的氨基酸序列；或可替代地，其中所述多肽中的一种多肽具有来自rgpa的活性位点的氨基酸序列，并且另一种多肽具有来自rgpb的活性位点的氨基酸序列)。
37、在本发明的第二方面的特别优选的实施例中，所述嵌合或融合蛋白包括如seq idno:55、56、58或60中的任一者中所示的氨基酸序列或与其至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同的序列或由其组成。
38、在本发明的第二方面，本发明提供了一种用于诱导对牙龈卟啉单胞菌的免疫应答的嵌合或融合蛋白，所述蛋白包括第一多肽和第二多肽，其中：
39、a)所述第一多肽包括牙龈卟啉单胞菌的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的活性位点的氨基酸序列或与其至少80％相同的序列或由其组成；并且
40、b)所述第二多肽包括牙龈卟啉单胞菌的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的粘附素结构域的氨基酸序列或由其组成；
41、其中所述第二多肽包括一个或多个粘附素结合基序(abm)的序列，优选地其中所述abm与牙龈卟啉单胞菌牙龈蛋白酶的duf2436结构域与经切割的粘附素结构域(cad)之间的所述abm中的一些或全部abm相对应，
42、优选地其中所述一个或多个abm包括如seq id no:15或20(abm2)和/或seq idno:17或21(abm3)中所示的序列或与其至少80％相同的序列，
43、更优选地其中所述一个或多个abm包括如seq id no:15或20(abm2)、seq id no:14或19(abm1)和/或seq id no:17或21(abm3)中所示的序列或与其至少80％相同的序列，
44、最优选地其中所述一个或多个abm包括seq id no:16或seq id no:18或22或seqid no:27、63或64中的任一者中所示的序列或与其至少80％相同的序列；并且
45、其中所述第二多肽包括经切割的粘附素结构域(cad)的序列的部分或全部，优选地具有seq id no:12或13中所示的氨基酸序列的cad的序列或与其至少80％相同的序列的部分或全部，并且其中：
46、a)所述第二多肽包括与对应区中的天然存在的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶序列相比，所述粘附素结构域中的一个或多个半胱氨酸氨基酸取代；和/或
47、b)所述第二多肽包括一个或多个选自以下的氨基酸基序取代：
48、i)与seq id no:14或19(abm1)的序列的残基6至9相对应或位于等效于所述残基的位置处的序列pxxn中的脯氨酸和/或天冬酰胺残基的取代；
49、ii)与seq id no:14或19(abm1)的序列的残基2至5相对应或位于等效于所述残基的位置处的序列中的基序nxfa变为sxyq的取代；
50、iii)与seq id no:15或20(abm2)的位置5处的残基相对应或位于等效于所述残基的位置处的第二酪氨酸残基以及与seq id no:14或19(abm1)的位置23处的残基相对应或位于等效于所述残基的位置处的色氨酸残基变为丙氨酸残基的取代。
51、所述一个或多个半胱氨酸氨基酸取代可以是丝氨酸残基或缬氨酸残基的取代。优选地，所述一个或多个半胱氨酸取代可以包括丝氨酸残基的一个或多个取代。
52、在某些实施例中，仅一个半胱氨酸残基可以被取代。在其它实施例中，两个或三个半胱氨酸残基可以被取代。在特别优选的实施例中，半胱氨酸残基被取代为缬氨酸和丝氨酸残基的组合。在其它实施例中，所有经取代的半胱氨酸残基被取代为丝氨酸或所有取代半胱氨酸残基被取代为缬氨酸。
53、在特别优选的实施例中，所述粘附素结构域包括duf2436结构域或其部分，并且duf2436结构域中的半胱氨酸残基被取代为丝氨酸或缬氨酸，优选地丝氨酸。在其它实施例中，所述粘附素结构域包括duf2436结构域，并且duf2436结构域中的半胱氨酸残基未被取代，并且优选地，所述粘附素结构域的其余部分中的一个或多个半胱氨酸残基被取代。
54、任选地，所述粘附素结构域包括seq id no:23中所示的序列或与其至少80％相同的序列或由其组成，其中半胱氨酸残基被取代为丝氨酸或缬氨酸残基。
55、任选地，所述粘附素结构域包括seq id no:25中所示的序列或与其至少80％相同的序列或由其组成，其中半胱氨酸残基被取代为丝氨酸或缬氨酸残基。
56、优选地，所述粘附素结构域包括seq id no:33或seq id no:59或seq id no:61中所示的序列或与其至少80％相同的序列或由其组成，其中一个或多个半胱氨酸残基被取代为丝氨酸或缬氨酸残基。
57、在本发明的第二方面的特别优选的实施例中，提供了一种用于诱导对牙龈卟啉单胞菌的免疫应答的嵌合或融合蛋白，所述蛋白包括第一多肽和第二多肽，其中：
58、a)所述第一多肽包括牙龈卟啉单胞菌的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的活性位点的氨基酸序列或与其至少80％相同的序列或由其组成；并且
59、b)所述第二多肽包括牙龈卟啉单胞菌的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的粘附素结构域的氨基酸序列或由其组成；
60、其中所述第二多肽包括一个或多个粘附素结合基序(abm)的序列，优选地其中所述abm与牙龈卟啉单胞菌牙龈蛋白酶的duf2436结构域与经切割的粘附素结构域(cad)之间的所述abm中的一些或全部abm相对应，
61、优选地其中所述一个或多个abm包括如seq id no:15或20(abm2)、seq id no:14或19(abm1)和/或seq id no:17或21(abm3)中所示的序列或与其至少80％相同的序列，
62、更优选地其中所述一个或多个abm包括seq id no:16或seq id no:18或22或seqid no:27、63或64中的任一者中所示的序列或与其至少80％相同的序列；
63、并且其中
64、a)所述第二多肽与天然存在的粘附素结构域序列相比，包括一个或多个半胱氨酸到丝氨酸的氨基酸取代；并且
65、b)所述第二多肽包括序列pxxn中的与seq id no:14或19(abm1)(与seq id no:18或22的序列的位置63至66处的残基相对应)的序列的位置6至9处的残基相对应或位于等效于所述残基的位置处的脯氨酸取代和/或天冬酰胺取代。
66、优选地，所述嵌合或融合蛋白包括一种或多种另外的多肽，所述一种或多种另外的多肽包括牙龈卟啉单胞菌的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的活性位点的氨基酸序列或与其至少80％相同的序列或由其组成。包括牙龈卟啉单胞菌的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的活性位点或由其组成的所述一种或多种另外的多肽可以位于所述第一多肽的n末端、所述第一多肽的c末端、所述第二多肽的c末端的所述第二多肽的n末端。
67、在优选的实施例中，所述第二多肽包括牙龈卟啉单胞菌的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的粘附素结构域的氨基酸序列，其中所述粘附素结构域包括seq id no:18或22中所示的序列或与其至少80％相同的序列；并且其中seq id no:18或22中的一个或两个半胱氨酸残基被取代为丝氨酸残基，并且其中seq id no:18或22的位置63至66或等效于其的位置处的序列pxxn中的所述脯氨酸和/或天冬酰胺残基被取代。任选地，所述脯氨酸残基被取代为丙氨酸残基和/或所述天冬酰胺残基被取代为脯氨酸或丙氨酸残基，优选地其中所述脯氨酸被取代为丙氨酸，并且所述天冬酰胺被取代为脯氨酸，使得seq id no:18或22的位置63至66处的序列是axxp(例如avqp)。
68、在特别优选的实施例中，所述第二多肽包括seq id no:33中所示的氨基酸序列或与其至少80％相同的序列，其中一个、两个或三个半胱氨酸残基被取代为丝氨酸残基。优选地，seq id no:33的残基115或等效于其的位置处的半胱氨酸残基不被取代为丝氨酸或缬氨酸残基。优选地，seq id no:33的位置115或等效于其的位置处的半胱氨酸残基不被取代为丝氨酸或缬氨酸残基，而seq id no:33的位置208和222或等效于其的位置处的半胱氨酸残基被取代为丝氨酸残基。
69、在特别优选的实施例中，所述第二多肽包括seq id no:33中所示的氨基酸序列或与其至少80％相同的序列，其中一个、两个或三个半胱氨酸残基被取代为丝氨酸残基，并且其中序列pxxn中的位置235至238或等效于其的位置处的所述脯氨酸残基和所述天冬酰胺残基被取代。优选地，seq id no:33的残基115或等效于其的位置处的半胱氨酸残基不被取代为丝氨酸或缬氨酸残基。优选地，seq id no:33的位置115或等效于其的位置处的半胱氨酸残基不被取代为丝氨酸或缬氨酸残基，而seq id no:33的位置208和222或等效于其的位置处的半胱氨酸残基被取代为丝氨酸残基，并且其中位置235或等效于其的位置处的所述脯氨酸残基被取代为丙氨酸残基，并且位置238或等效于其的位置处的所述天冬酰胺残基被取代为脯氨酸。
70、在特别优选的实施例中，所述第二多肽包括如seq id no:34至48中的任一者中所示的序列或与其至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同的序列或由其组成。
71、在任何实施例中，所述第一多肽包括选自以下的组的氨基酸序列或由其组成：seqid no:1至11，或与其80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同的序列。
72、所述一种或多种另外的多肽优选地包括选自以下的组的氨基酸序列或由其组成：seq id no:1至11，或与其至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同的序列。
73、在任何实施例中，包括牙龈卟啉单胞菌的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的活性位点的氨基酸序列或由其组成的所述第一多肽和所述另外的多肽包括至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同的氨基酸序列或由其组成，或者其中所述氨基酸序列是相同的。所述第一多肽和所述另外的多肽可以源自异源牙龈蛋白酶的活性位点(例如，来自牙龈卟啉单胞菌的不同菌株的牙龈蛋白酶)。所述第一多肽和所述另外的多肽可以具有源自不同的牙龈蛋白酶的氨基酸序列(例如，其中所述多肽中的一种多肽具有来自kgp的活性位点的氨基酸序列，并且另一种多肽具有来自rgp的活性位点的氨基酸序列；或可替代地，其中所述多肽中的一种多肽具有来自rgpa的活性位点的氨基酸序列，并且另一种多肽具有来自rgpb的活性位点的氨基酸序列)。
74、在本发明的第二方面的优选的实施例中，所述嵌合或融合蛋白包括如seq id no:49、50或51中的任一者中所示的氨基酸序列或与其80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同的序列或由其组成。
75、在本发明的第三方面，本发明提供了一种用于诱导对牙龈卟啉单胞菌的免疫应答的嵌合或融合蛋白，所述蛋白包括第一多肽和第二多肽，其中：
76、a)所述第一多肽包括牙龈卟啉单胞菌的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的活性位点的氨基酸序列或与其至少80％相同的序列或由其组成；并且
77、b)所述第二多肽包括牙龈卟啉单胞菌的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的粘附素结构域的氨基酸序列或由其组成；
78、其中所述第二多肽包括一个或多个粘附素结合基序(abm)的序列，优选地其中所述abm与牙龈卟啉单胞菌牙龈蛋白酶的duf2436结构域与经切割的粘附素结构域(cad)之间的所述abm中的一些或全部abm相对应；
79、优选地其中所述一个或多个abm包括如seq id no:15或20(amb2)和/或seq idno:17或21(abm3)中所示的序列或与其至少80％相同的序列，
80、更优选地其中所述一个或多个abm包括如seq id no:15或20(abm2)、seq id no:14或19(abm1)和/或seq id no:17或21(abm3)中所示的序列或与其至少80％相同的序列，
81、最优选地其中所述一个或多个abm包括seq id no:16或seq id no:18或22中的任一者中所示的序列或与其至少80％相同的序列；并且
82、其中所述第二多肽包括经切割的粘附素结构域(cad)的序列的部分或全部，优选地具有seq id no:12或13中所示的氨基酸序列的cad的序列或与其至少80％相同的序列的部分或全部，
83、并且其中：
84、a)所述第二多肽包括与arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的duf2436结构域的全长基本上相对应的氨基酸序列，优选地如seq id no:23中所示，或与其至少80％相同的序列；以及
85、所述第二多肽包括一个或多个选自以下的氨基酸取代：
86、b)与对应区中的天然存在的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶序列相比，所述粘附素结构域中的一个或多个半胱氨酸氨基酸取代；以及
87、c)一个或多个选自以下的氨基酸基序取代：
88、i)与seq id no:14或19(abm1)的序列的残基6至9相对应或位于等效于所述残基的位置处的序列pxxn中的脯氨酸和/或天冬酰胺残基的取代；
89、ii)与seq id no:14或19(abm1)的序列的残基2至5相对应或位于等效于所述残基的位置处的序列中的基序nxfa变为sxyq的取代；
90、iii)与seq id no:15或20(abm2)的位置5处的残基相对应或位于等效于所述残基的位置处的第二酪氨酸残基以及与seq id no:14或19(abm1)的位置23处的残基相对应或位于等效于所述残基的位置处的色氨酸残基变为丙氨酸残基的取代。
91、所述一个或多个半胱氨酸氨基酸取代可以是丝氨酸残基或缬氨酸残基的取代。优选地，所述一个或多个半胱氨酸取代可以包括丝氨酸残基的一个或多个取代。
92、在某些实施例中，仅一个半胱氨酸残基被取代。在其它实施例中，两个或三个半胱氨酸残基被取代。在特别优选的实施例中，半胱氨酸残基被取代为缬氨酸和丝氨酸残基的组合。在其它实施例中，所有经取代的半胱氨酸残基被取代为丝氨酸或所有取代半胱氨酸残基被取代为缬氨酸。
93、在特别优选的实施例中，所述粘附素结构域包括duf2436结构域，并且duf2436结构域中的半胱氨酸残基被取代为丝氨酸或缬氨酸，优选地丝氨酸。在其它实施例中，所述粘附素结构域包括duf2436结构域，并且duf2436结构域中的半胱氨酸残基未被取代，并且优选地，所述粘附素结构域的其余部分中的一个或多个半胱氨酸残基被取代。
94、优选地，所述粘附素结构域包括seq id no:33或seq id no:59或seq id no:61中所示的序列或与其至少80％相同的序列或由其组成，其中一个或多个半胱氨酸残基被取代为丝氨酸或缬氨酸残基。
95、根据本发明的此方面，与seq id no:33的残基235至238相对应或位于等效于所述残基的位置处的序列pxxn包括所述脯氨酸残基和所述天冬酰胺残基的取代。优选地，所述取代是从pxxn变为axxp。
96、在本发明的此方面的特别优选的实施例中，所述第二多肽包括seq id no:33中所示的氨基酸序列或与其至少80％相同的序列，其中一个、两个或三个半胱氨酸残基被取代为丝氨酸残基。优选地，seq id no:33的残基115或等效于其的位置处的半胱氨酸残基不被取代为丝氨酸或缬氨酸残基。优选地，seq id no:33的位置115或等效于其的位置处的半胱氨酸残基不被取代为丝氨酸或缬氨酸残基，而seq id no:33的位置208和222或等效于其的位置处的半胱氨酸残基被取代为丝氨酸残基。
97、在特别优选的实施例中，所述第二多肽包括seq id no:33中所示的氨基酸序列或与其至少80％相同的序列，其中一个、两个或三个半胱氨酸残基被取代为丝氨酸残基，并且其中序列pxxn中的位置235至238或等效于其的位置处的所述脯氨酸残基和所述天冬酰胺残基被取代。优选地，seq id no:33的残基115或等效于其的位置处的半胱氨酸残基不被取代为丝氨酸或缬氨酸残基。优选地，seq id no:33的位置115或等效于其的位置处的半胱氨酸残基不被取代为丝氨酸或缬氨酸残基，而seq id no:33的位置208和222或等效于其的位置处的半胱氨酸残基被取代为丝氨酸残基，并且其中位置235或等效于其的位置处的所述脯氨酸残基被取代为丙氨酸残基，并且位置238或等效于其的位置处的所述天冬酰胺残基被取代为脯氨酸。
98、在特别优选的实施例中，所述第二多肽包括如seq id no:34至48中的任一者中所示的序列或与其至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同的序列或由其组成。
99、在尤其优选的实施例中，所述嵌合或融合蛋白包括如seq id no:52或53中的任一者中所示的序列或与其至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同的序列或由其组成。
100、优选地，融合蛋白的嵌合包括一种或多种另外的多肽，所述一种或多种另外的多肽包括牙龈卟啉单胞菌的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的活性位点的氨基酸序列或与其至少80％相同的序列或由其组成。包括牙龈卟啉单胞菌的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的活性位点或由其组成的所述一种或多种另外的多肽可以位于所述第一多肽的n末端、所述第一多肽的c末端、所述第二多肽的c末端的所述第二多肽的n末端。
101、在任何实施例中，所述第一多肽包括选自以下的组的氨基酸序列或由其组成：seqid no:1至11，或与其至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同的序列。
102、所述一种或多种另外的多肽优选地包括选自以下的组的氨基酸序列或由其组成：seq id no:1至11，或与其至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同的序列。
103、在任何实施例中，包括牙龈卟啉单胞菌的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的活性位点的氨基酸序列或由其组成的所述第一多肽和所述另外的多肽包括至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同的氨基酸序列或由其组成，或者其中所述氨基酸序列是相同的。所述第一多肽和所述另外的多肽可以源自异源牙龈蛋白酶的活性位点(例如，来自牙龈卟啉单胞菌的不同菌株的牙龈蛋白酶)。所述第一多肽和所述另外的多肽可以具有源自不同的牙龈蛋白酶的氨基酸序列(例如，其中所述多肽中的一种多肽具有来自kgp的活性位点的氨基酸序列，并且另一种多肽具有来自rgp的活性位点的氨基酸序列；或可替代地，其中所述多肽中的一种多肽具有来自rgpa的活性位点的氨基酸序列，并且另一种多肽具有来自rgpb的活性位点的氨基酸序列)。
104、在本发明任何方面的任何实施例中，所述嵌合或融合蛋白由如本文所定义的所述第一多肽和所述第二多肽的序列组成或基本上由其组成。因此应理解，所述嵌合或融合蛋白包括与天然存在的牙龈蛋白酶多聚蛋白序列中那些结构域的构型不同的结构域的布置或构型。换言之，其中的所述第一多肽和所述第二多肽和结构域具有与天然存在的牙龈蛋白酶多聚蛋白不同的空间构型。
105、在本发明任何方面的任何实施例中，所述第一多肽和所述第二多肽是连接的。所述第一多肽和所述第二多肽可以直接，通过接头或通过不超过100个，优选地不超过50个氨基酸的多肽序列连接。优选地，所述第一多肽和所述第二多肽直接连接，或通过不超过约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个氨基酸连接。最优选地，所述第一多肽和所述第二多肽直接连接。
106、在本发明任何方面的任何实施例中，所述第一多肽的c末端残基可以直接，通过接头或通过不超过50个氨基酸的多肽序列与所述第二多肽的n末端残基连接。可替代地，所述第一多肽的n末端残基可以直接，通过接头或通过不超过50个氨基酸的多肽序列与所述第二多肽的c末端残基连接。
107、根据本发明的第1至第3方面，源自arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的duf2436结构域和abm结构域可以直接接合或通过接头或通过多肽序列接合。优选地，duf2436结构域和abm结构域通过包括约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个氨基酸的短接头序列连接。在特别优选的实施例中，duf结构域和abm结构域通过不超过约1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14或15个氨基酸的短接头序列连接。
108、在优选的实施例中，duf2436结构域和abm结构域(分别具有seq id no:23和18的代表性氨基酸序列(即没有本文所描述的氨基酸取代的氨基酸序列))可以通过具有氨基酸序列eveddsp的肽序列连接。
109、在任何实施例中，所述另外的多肽可以与包括所述第一多肽和所述第二多肽的所述嵌合或融合蛋白直接或通过接头接合。在其中所述另外的多肽通过所述第二多肽与所述融合蛋白的c末端区接合的实施例中，优选地所述第二多肽的c末端与所述另外的多肽的n末端直接接合。(例如，粘附素结构域的c末端优选地与活性位点氨基酸序列的n末端直接接合)。
110、在包含多于一种另外的多肽的情况下，所述另外的多肽的拷贝可以直接相互接合或通过接头序列接合。
111、在本发明任何方面的任何实施例中，所述接头区是不超过15个氨基酸，并且优选地超过2个氨基酸的氨基酸序列。本领域已知用于蛋白质构建体的合适的接头，包含对溶解度具有最小影响的接头。有用的接头包含甘氨酸-丝氨酸(glyser)接头，其在本领域中是众所周知的，并且包括以各种顺序组合的甘氨酸和丝氨酸单元。实例包含但不限于(gs)、(gsggs)n、(gggs)n和(ggggs)n，其中n为至少为一的整数，通常是介于1与约10之间的整数，例如介于1与约8之间，介于1与约6之间或介于1与约5之间。其它有用的接头包含dssg、dssgas、kldssg或本文所描述的其它接头。在某些实施例中，所述接头区可以源自天然牙龈蛋白酶多聚蛋白序列。
112、本发明还提供了一种编码如本文所定义的嵌合或融合蛋白的核酸。
113、优选地，所述核酸具有编码本文表1中所定义的氨基酸序列中的任一个或多个氨基酸序列的核苷酸序列。
114、在任何实施例中，此类核酸包含在表达构建体中，其中所述核酸与启动子可操作地连接。此类表达构建体可以存在于载体(例如，质粒)或病毒载体中。
115、本发明还提供了一种包括如本文所描述的核酸或核酸载体的细胞。本发明的细胞的实例包含细菌细胞、酵母细胞、昆虫细胞或哺乳动物细胞。优选地，所述细胞是经分离的、基本上经纯化的或重组的。
116、本发明还提供了一种组合物，其包括如本文所描述的嵌合或融合蛋白，任选地与药学上可接受的载剂组合。
117、所述组合物还可以包括用于增强对所述嵌合或融合蛋白的免疫应答的佐剂。
118、因此，本发明进一步提供了一种疫苗或免疫刺激组合物，用于诱导受试者对牙龈卟啉单胞菌的免疫应答，所述组合物包括：
119、i)如本文所描述的嵌合或融合蛋白形式的免疫原，以及
120、ii)用于增强所述受试者对所述免疫原的免疫应答的佐剂。
121、优选地，本发明的组合物、疫苗或免疫刺激组合物中提供的唯一免疫原是如本文所描述的嵌合或融合蛋白。
122、本发明还提供了一种用于在受试者体内诱导对牙龈卟啉单胞菌的免疫应答的方法，所述方法包括向有需要的受试者施用如本文所描述的嵌合或融合蛋白、疫苗或免疫刺激组合物。
123、本发明还提供了一种在受试者体内诱导对牙龈卟啉单胞菌的体液免疫应答的方法，所述方法包括向所述受试者施用如本文所定义的嵌合或融合蛋白、组合物、疫苗或免疫刺激组合物。
124、优选地，诱导的免疫应答包括从th1切换到th2免疫应答。
125、应理解，在任何实施例中，通过施用本文所描述的嵌合或融合蛋白或疫苗或包括所述嵌合或融合蛋白的其它组合物引发的免疫应答优选地是抗原特异性的。因此，在优选的实施例中，本文所描述的方法和组合物以及嵌合蛋白用于诱导对牙龈卟啉单胞菌牙龈蛋白酶抗原的免疫应答，优选地保护性免疫应答。
126、在任何实施例中，本发明的组合物、嵌合蛋白和方法可以用于增强受试者对牙龈卟啉单胞菌的免疫应答(如保护性免疫应答)。
127、本发明还提供了针对牙龈卟啉单胞菌感染使受试者免疫的方法，所述方法包括向所述受试者施用如本文所定义的嵌合或融合蛋白、组合物、疫苗或免疫刺激组合物。
128、在任何实施例中，与未接受蛋白、组合物或疫苗的受试者相比，已接受或已施用本发明的嵌合或融合蛋白或包含所述嵌合或融合蛋白质的组合物或疫苗的受试者针对牙龈卟啉单胞菌感染或牙龈卟啉单胞菌感染的一种或多种症状的严重程度的保护水平提高。
129、仍进一步地，本发明提供了一种用于治疗受试者的牙龈卟啉单胞菌感染的方法，所述方法包括向有需要的受试者施用如本文所定义的嵌合或融合蛋白、组合物、疫苗或免疫刺激组合物，由此治疗所述受试者的所述牙龈卟啉单胞菌感染。
130、本发明提供了一种用于降低与牙龈卟啉单胞菌感染相关的症状的严重程度或使其最小化的方法，所述方法包括向有需要的个体施用如本文所定义的嵌合或融合蛋白、组合物、疫苗或免疫刺激组合物，其中所述症状选自由以下组成的组：肿胀或浮肿的牙龈、易出血的牙龈、萎缩的牙龈、牙齿周围的牙周袋、支持牙齿的组织(牙周韧带、牙骨质和/或牙槽骨)的缺失、牙龈与牙齿之间的脓液以及牙龈炎。
131、本发明还提供了一种用于治疗受试者的牙龈卟啉单胞菌相关疾病的方法，所述方法包括向有需要的个体施用如本文所定义的嵌合或融合蛋白、组合物、疫苗或免疫刺激组合物。优选地，所述牙龈卟啉单胞菌相关疾病包括牙周病。
132、本发明提供了一种治疗方法，所述治疗方法包括施用本发明的嵌合或融合蛋白、组合物、疫苗或免疫刺激组合物，还可以包括施用以下中的一种或多种：抗微生物化合物、抗炎剂。
133、本发明还提供了如本文所定义的嵌合或融合蛋白的用途，用于制备用于以下的药物：
134、●在受试者体内诱导对牙龈卟啉单胞菌的免疫应答(优选地保护性免疫应答)；
135、●针对牙龈卟啉单胞菌感染使受试者免疫；
136、●治疗受试者的牙龈卟啉单胞菌感染；
137、●使牙龈卟啉单胞菌感染的一种或多种症状的严重程度最小化或降低所述严重程度；或
138、●治疗受试者的牙龈卟啉单胞菌相关疾病。
139、本发明还提供了如本文所定义的嵌合或融合蛋白、组合物、疫苗或免疫刺激组合物，用于：
140、●在受试者体内诱导对牙龈卟啉单胞菌的免疫应答(优选地保护性免疫应答)；
141、●针对牙龈卟啉单胞菌感染使受试者免疫；
142、●治疗受试者的所述牙龈卟啉单胞菌感染；
143、●使牙龈卟啉单胞菌感染的一种或多种症状的严重程度最小化或降低所述严重程度；或
144、●治疗受试者的牙龈卟啉单胞菌相关疾病。
145、在用于根据本发明使用的任何方法、用途或蛋白质、组合物或疫苗中，所述受试者可以是已经感染牙龈卟啉单胞菌或有感染牙龈卟啉单胞菌的风险的任何受试者。所述受试者可以是人。所述受试者可以是兽医受试者，如患有牙龈卟啉单胞菌感染或有感染牙龈卟啉单胞菌的风险的伴侣动物。
146、本发明还提供了一种用于获得针对牙龈卟啉单胞菌的抗体的方法，所述方法包括向非人动物施用本发明的嵌合或融合蛋白、组合物、疫苗或免疫刺激组合物，由此在所述动物体内产生针对牙龈卟啉单胞菌的抗体。优选地，所述方法进一步包括从动物(例如，从动物的血液中提取)或从其卵(在动物是鸟类物种的情况下，优选地鸡)中分离抗体。
147、本发明还提供了一种抗体制剂，其包括针对牙龈卟啉单胞菌的抗体，其中所述抗体制剂是通过向非人动物施用本发明的嵌合或融合蛋白、组合物、疫苗或免疫刺激组合物，由此在所述动物体内产生针对牙龈卟啉单胞菌的抗体，并且从所述动物或其卵中分离所述抗体而获得的。
148、针对牙龈卟啉单胞菌的抗体可以治疗性地使用以消除或减少牙龈卟啉单胞菌感染，或预防性地使用以预防或降低牙龈卟啉单胞菌感染的严重程度。
149、本发明还提供了一种试剂盒，其包括包含如本文所定义的嵌合或融合蛋白的组合物，其中任选地所述试剂盒包括密封容器中的一种或多种细胞因子和/或佐剂。
150、优选地，所述试剂盒包括指示所述组合物是用于使个体免疫的标记或包装插页，任选地其中所述标记或包装插页包含使用说明书。
151、在整个本说明书中，除非上下文另外要求，否则词语“包括(comprise/comprises/comprising)”应理解成暗指包含所陈述步骤或要素或一组步骤或要素，但不排除任何其它步骤或要素或一组步骤或要素。因此，术语“包括”等的使用表明所列出的要素是必需的或强制性的，但是其它要素是任选的并可以存在或不存在。“由……组成(consisting of)”意指包含并且限于短语“由……组成”之后的任何内容。因此，短语“由……组成”表示所列要素是必需的或强制性的，并且可以不存在其它要素。“基本上由……组成”意指包含在所述短语之后所列出的任何要素，并且限于不干扰或促进本公开中针对所列要素指定的活动或行为的其它要素。因此，短语“基本上由……组成”指示所列要素是必需的或强制性的，但其它元素(例如，多肽序列的n末端或c末端处的1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20个或多于20个的另外的氨基酸残基)是任选的，并且可以存在或可以不存在，这取决于其是否影响所列要素的活性或作用。
152、本发明的另外的方面和在前述段落中描述的各方面的另外的实施例将从以下描述中变得显而易见，所述以下描述通过举例的方式并参考附图给出。
1.一种用于诱导对牙龈卟啉单胞菌(p.gingivalis)的免疫应答的嵌合或融合蛋白，所述蛋白包括第一多肽和第二多肽，其中：
2.根据权利要求1所述的嵌合或融合蛋白，其中所述一个或多个abm包括如seq id no:15或20、seq id no:14或19和/或seq id no:17或21中所示的序列或与其至少80％相同的序列。
3.根据权利要求1或2所述的嵌合或融合蛋白，其中所述一个或多个abm包括seq idno:16或seq id no:18或22中的任一者中所示的序列或与其至少80％相同的序列。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的嵌合或融合蛋白，其中所述第二多肽包括具有seq id no:12或13中所示的氨基酸序列或与其至少80％相同的序列的cad的序列的部分或全部。
5.根据权利要求1至4中任一项所述的嵌合或融合蛋白，其中与arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的duf2436结构域的全长基本上相对应的氨基酸序列是占arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的duf2436结构域的长度的至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的序列。
6.根据权利要求5所述的嵌合或融合蛋白，其中arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的duf2436结构域的氨基酸序列是seq id no:23中所示的序列，或者是与其至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同的序列。
7.根据权利要求1至6中任一项所述的嵌合或融合蛋白，其中所述第二多肽包括seq idno:33中所示的序列或与其至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同的序列。
8.根据前述权利要求中任一项所述的嵌合或融合蛋白，其中所述第二多肽不包括duf2436结构域中的半胱氨酸残基的取代。
9.根据权利要求1至7中任一项所述的嵌合或融合蛋白，其中所述第二多肽包括duf2436结构域中的半胱氨酸残基的取代。
10.根据权利要求9所述的嵌合或融合蛋白，其中所述半胱氨酸残基的所述取代是丝氨酸或缬氨酸残基的取代。
11.根据权利要求10所述的嵌合或融合蛋白，其中所述半胱氨酸残基的所述取代是丝氨酸残基的取代。
12.根据权利要求1至11中任一项所述的嵌合或融合蛋白，其中所述第二多肽包括abm结构域中的半胱氨酸残基中的一个或多个半胱氨酸残基的取代。
13.根据权利要求12所述的嵌合或融合蛋白，其中所述一个或多个半胱氨酸残基的所述取代是丝氨酸残基或缬氨酸残基的取代。
14.根据权利要求13所述的嵌合或融合蛋白，其中所述一个或多个半胱氨酸残基的所述取代是丝氨酸残基的取代。
15.根据权利要求12至14中任一项所述的嵌合或融合蛋白，其中seq id no:18或22中示出了一个或多个abm结构域的序列，并且其中所述一个或多个半胱氨酸残基与seq idno:18或22的位置36和50处的残基相对应。
16.根据前述权利要求中任一项所述的嵌合或融合蛋白，其中所述第二多肽包括牙龈卟啉单胞菌粘附素结构域的abm1的与seq id no:14或19的序列的残基6至9相对应或位于等效于所述残基的位置处的序列pxxn中的脯氨酸和/或天冬酰胺残基的取代。
17.根据权利要求16所述的嵌合或融合蛋白，其中所述第二多肽包括abm1中的与seqid no:14或19的序列的残基6至9相对应或位于等效于所述残基的位置处的序列axxn、axxa或axxp。
18.根据前述权利要求中任一项所述的嵌合或融合蛋白，其中所述第二多肽包括如seqid no:33至48中的任一者中所示的氨基酸序列或由其组成。
19.根据权利要求18所述的嵌合或融合蛋白，其中所述第二多肽包括如seq id no:39或40中所示的氨基酸序列或由其组成。
20.根据权利要求17所述的嵌合或融合蛋白，其中所述第二多肽包括如seq id no:47或48中所示的氨基酸序列或由其组成。
21.根据权利要求1至15中任一项所述的嵌合或融合蛋白，其中所述第二多肽包括牙龈卟啉单胞菌粘附素结构域的所述abm1中的与seq id no:14或19的残基2至5相对应或位于等效于所述残基的位置处的基序nxfa变为sxyq的取代。
22.根据权利要求1至15中任一项所述的嵌合或融合蛋白，其中所述第二多肽包括abm2的与seq id no:15或20的位置5处的残基相对应或位于等效于所述残基的位置处的第二酪氨酸残基以及abm1的与seq id no:14或19的位置23处的残基相对应或位于等效于所述残基的位置处的色氨酸残基变为丙氨酸残基的取代。
23.根据权利要求1至22中任一项所述的嵌合或融合蛋白，其中所述第一多肽与所述第二多肽连接。
24.根据权利要求1至23中任一项所述的嵌合或融合蛋白，其中所述第一多肽位于所述第二多肽的n末端。
25.根据权利要求1至24中任一项所述的嵌合或融合蛋白，其中所述第一多肽与所述第二多肽直接接合。
26.根据权利要求1至24中任一项所述的嵌合或融合蛋白，其中所述第一多肽通过接头与所述第二多肽连接。
27.根据权利要求26所述的嵌合或融合蛋白，其中所述接头是肽接头。
28.根据权利要求27所述的嵌合或融合蛋白，其中所述肽接头包括至少2个氨基酸、至少5个氨基酸、至少10个氨基酸、至少15个氨基酸、至少20个氨基酸，优选地其中所述接头包括不超过50个氨基酸。
29.根据权利要求27或28所述的嵌合或融合蛋白，其中所述肽接头是不超过25个氨基酸、不超过20个氨基酸、不超过15个氨基酸或不超过10个氨基酸。
30.根据权利要求1至29中任一项所述的嵌合或融合蛋白，其中所述第一多肽包括如seq id no:1至11中的任一者中所示的氨基酸序列或与其至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同的序列或由其组成。
31.根据权利要求30所述的嵌合或融合蛋白，其中所述第一多肽包括seq id no:1或2中所示的氨基酸序列或与其至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同的序列或由其组成。
32.根据权利要求1至31中任一项所述的嵌合或融合蛋白，其中所述嵌合或融合蛋白包括一种或多种另外的多肽，所述一种或多种另外的多肽包括牙龈卟啉单胞菌的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的活性位点的氨基酸序列或与其至少80％相同的序列或由其组成。
33.根据权利要求32所述的嵌合或融合蛋白，其中包括牙龈卟啉单胞菌的arg-牙龈蛋白酶或lys-牙龈蛋白酶的活性位点或由其组成的所述一种或多种另外的多肽位于所述第一多肽的n末端、所述第一多肽的c末端、所述第二多肽的c末端的所述第二多肽的n末端。
34.根据权利要求33所述的嵌合或融合蛋白，其中所述一种或多种另外的多肽与所述嵌合或融合蛋白的所述第一多肽或所述第二多肽直接连接。
35.根据权利要求34所述的嵌合或融合蛋白，其中所述一种或多种另外的多肽通过肽接头与所述第一多肽或所述第二多肽连接。
36.根据权利要求35所述的嵌合或融合蛋白，其中所述肽接头包括至少2个氨基酸、至少5个氨基酸、至少10个氨基酸、至少15个氨基酸、至少20个氨基酸，优选地其中所述接头包括不超过50个氨基酸。
37.根据权利要求35或36所述的嵌合或融合蛋白，其中所述肽接头是不超过25个氨基酸、不超过20个氨基酸、不超过15个氨基酸或不超过10个氨基酸。
38.根据权利要求32至37中任一项所述的嵌合或融合蛋白，其中所述一种或多种另外的多肽优选地包括选自以下的组的氨基酸序列或由其组成：seq id no:1至11，或与其至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同的序列。
39.根据权利要求37所述的嵌合或融合蛋白，其中所述第一多肽和所述一种或多种另外的多肽是相同的或彼此至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％相同。
40.根据权利要求38所述的嵌合或融合蛋白，其中所述第一多肽和所述一种或多种另外的多肽包括牙龈卟啉单胞菌的异源牙龈蛋白酶的活性位点的氨基酸序列。
41.根据权利要求38所述的嵌合或融合蛋白，其中所述第一多肽和所述一种或多种另外的多肽包括lys-牙龈蛋白酶的活性位点的氨基酸序列。
42.根据权利要求38所述的嵌合或融合蛋白，其中所述第一多肽包括lys-牙龈蛋白酶的活性位点的氨基酸序列，并且所述一种或多种另外的多肽包括arg-牙龈蛋白酶的活性位点的氨基酸序列。
43.根据权利要求1至42中任一项所述的嵌合或融合蛋白，其中所述嵌合或融合蛋白包括如seq id no:52或53中的任一者中所示的氨基酸序列或与其至少80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的序列或由其组成。
44.根据权利要求1至43中任一项所述的嵌合或融合蛋白，其中所述蛋白包括另外的氨基酸残基，以促进在重组表达系统中的表达和/或促进所述蛋白的纯化。
45.根据权利要求44所述的嵌合或融合蛋白，其中所述另外的氨基酸包括n末端区中的一个、两个、三个、四个或五个氨基酸，任选地包含n末端甲硫氨酸和/或丙氨酸。
46.根据权利要求44或45所述的嵌合或融合蛋白，其中所述另外的氨基酸包括c末端区中的一个、两个、三个、四个或五个氨基酸。
47.一种核酸，其编码根据权利要求1至46中任一项所述的嵌合或融合蛋白。
48.一种载体或构建体，其包括根据权利要求47所述的核酸。
49.一种宿主细胞，其包括根据权利要求47所述的核酸或根据权利要求48所述的载体或构建体。
50.一种组合物，其包括根据权利要求1至46中任一项所述的嵌合或融合蛋白。
51.根据权利要求50所述的组合物，其中所述组合物是疫苗组合物，并且包括一种或多种用于增强对所述嵌合或融合蛋白的免疫应答的佐剂。
52.一种疫苗或免疫刺激组合物，其包括根据权利要求1至46中任一项所述的嵌合或融合蛋白以及任选地用于增强对所述嵌合或融合蛋白的免疫应答的佐剂。
53.一种用于在受试者体内诱导对牙龈卟啉单胞菌的免疫应答的方法，所述方法包括向有需要的受试者施用根据权利要求1至46中任一项所述的嵌合或融合蛋白、根据权利要求50或51所述的组合物或根据权利要求52所述的疫苗或免疫刺激组合物。
54.一种在受试者体内诱导对牙龈卟啉单胞菌的体液免疫应答的方法，所述方法包括向所述受试者施用根据权利要求1至46中任一项所述的嵌合或融合蛋白、根据权利要求50或51所述的组合物或根据权利要求52所述的疫苗或免疫刺激组合物。
55.根据权利要求54所述的方法，其中诱导的免疫应答包括从th1切换到th2免疫应答。
56.一种针对牙龈卟啉单胞菌感染使受试者免疫的方法，所述方法包括向所述受试者施用根据权利要求1至46中任一项所述的嵌合或融合蛋白、根据权利要求50或51所述的组合物或根据权利要求52所述的疫苗或免疫刺激组合物。
57.一种治疗受试者的牙龈卟啉单胞菌感染的方法，所述方法包括向有需要的受试者施用根据权利要求1至46中任一项所述的嵌合或融合蛋白、根据权利要求50或51所述的组合物或根据权利要求52所述的疫苗或免疫刺激组合物。
58.一种用于降低与牙龈卟啉单胞菌感染相关的症状的严重程度或使其最小化的方法，所述方法包括向有需要的个体施用根据权利要求1至46中任一项所述的嵌合或融合蛋白、根据权利要求50或51所述的组合物或根据权利要求52所述的疫苗或免疫刺激组合物，
59.根据权利要求57或58所述的方法，其中所述方法进一步包括施用以下中的一种或多种：抗微生物化合物、抗炎剂。
60.一种根据权利要求1至46中任一项所述的嵌合或融合蛋白的用途，其用于制备用于以下的药物：
61.根据权利要求1至46中任一项所述的嵌合或融合蛋白、根据权利要求50或51所述的组合物或根据权利要求52所述的疫苗或免疫刺激组合物，其用于：
62.一种用于获得针对牙龈卟啉单胞菌的抗体的方法，所述方法包括向非人动物施用根据权利要求1至46中任一项所述的嵌合或融合蛋白、根据权利要求50或51所述的组合物或根据权利要求52所述的疫苗或免疫刺激组合物，由此在所述动物体内产生针对牙龈卟啉单胞菌的抗体。
63.根据权利要求62所述的方法，其中所述方法进一步包括从所述动物或所述动物的卵中分离所述抗体。
64.一种抗体制剂，其包括针对牙龈卟啉单胞菌的抗体，其中所述抗体制剂是通过向非人动物施用根据权利要求1至46中任一项所述的嵌合或融合蛋白、根据权利要求50或51所述的组合物或根据权利要求52所述的疫苗或免疫刺激组合物，由此在所述动物体内产生针对牙龈卟啉单胞菌的抗体，并且从所述动物或其卵中分离所述抗体而获得的。
65.一种试剂盒，其包括包含根据权利要求1至46中任一项所述的嵌合或融合蛋白的组合物、根据权利要求50或51所述的组合物或根据权利要求3523所述的疫苗或免疫刺激组合物，其中任选地所述试剂盒包括密封容器中的一种或多种细胞因子和/或佐剂，优选地其中所述试剂盒包括指示所述组合物是用于使个体免疫的标记或包装插页，任选地其中所述标记或包装插页包含使用说明书。
