本发明大体上涉及与癌症相关的基因融合体和基因变异体。
背景技术：
1、人类癌细胞中经常发现如染色体易位和基因变异体的畸变。染色体易位可能产生表达融合体转录物的嵌合基因，所述嵌合基因接着翻译成融合蛋白，所述融合蛋白会影响正常调节路径且刺激癌细胞生长。基因变异体还可产生会影响正常调节路径的异常蛋白。
2、新融合体基因、已知融合体基因之新变异体和基因变异体或等位基因之鉴别为其他诊断和癌症治疗目标提供机会。
技术实现思路
1、本发明提供新颖基因融合变异体和基因融合体-疾病病况相关性。本文提供的基因融合体与特定癌症相关。本发明进一步提供探针(如扩增引物组和检测探针)以及检测、诊断和治疗的方法和系统以及包括或检测本文所公开的基因融合体的试剂盒。
2、在一个实施例中，本发明提供一种反应混合物，其包含特异性地识别选自表1-表3、表19和表22的基因融合体的一个探针或一个探针组。所述探针组可例如为一个扩增引物组。在另一实施例中，本文提供一种反应混合物，其包括侧接目标核酸中选自表1-表3、表19和表22的基因融合体的一个引物组。举例来说，所述引物组可以各自在表4-6、20和23中鉴别的融合体断裂点中的一者的相对侧的1000、750、500、250、100、90、80、75、70、65、50或25个核苷酸内结合于人类基因组中的目标序列。此实施例的反应混合物可以进一步包括检测器探针，所述检测器探针结合于选自表1-表3、表19和表22的基因融合体中的断裂点的任一侧，或结合跨越选自表1-表3、表19和表22的基因融合体中的断裂点的结合区，包括其中断裂点鉴别于表4-6、20和23中的特定实施例。在例示性实施例中，检测器探针在表4-6、20和23中鉴别的融合体断裂点中的一者的1000、750、500、250、100、90、80、75、70、60、50或25个核苷酸内结合于人类基因组中的目标序列。包括检测器探针或不包括检测器探针的反应混合物可以进一步包括聚合酶、逆转录酶、dntp和/或尿嘧啶dna去糖基化酶(udg)。聚合酶、逆转录酶和udg通常不来自人类来源。说明性实施例中的聚合酶是热稳定聚合酶，如taq聚合酶。在某些实施例中，反应混合物中的dntp包括dutp，且在某些实例中，反应混合物可以没有dttp。此外，反应混合物可以包括扩增子，如dna扩增子，其包括一个或多个脱氧尿苷(“du”)残基。在某些实施例中，反应混合物包括dna扩增子，其包括针对对应人类基因组序列中的每一脱氧胸苷残基的一个或多个du残基。在某些实施例中，扩增子包括所对应序列并未在人类基因组中发现的区段，如dna条形码序列。非人类区段的长度可例如为5-10,000、5-5000、5-1000、5-500、5-100、5-50、5-25、5-10、10-10,000、10-5000、10-1000、10-500、10-100、10-50或10-25个核苷酸。在某些实施例中，扩增子包括对应于人类基因组中跨越内含子的区域的区段，但扩增子并不包括对应于内含子的区段。反应混合物可以进一步包括目标核酸，例如人类目标核酸。人类目标核酸可例如从怀疑患有选自以下各者的癌症的个体的生物样品中分离：blca＝膀胱癌、brca＝乳癌、cesc＝子宫颈细胞癌、coad＝结肠腺癌、gbm＝多形性成胶质细胞瘤、hnsc＝头颈鳞状细胞癌、kirk＝透明细胞肾细胞癌、kirp＝肾脏肾乳头状细胞癌、laml＝急性骨髓性白血病、lgg＝脑低级别胶质瘤、lihc＝肝脏肝细胞癌、luad＝肺腺癌、lusc＝鳞状细胞肺癌、ov＝卵巢浆液性腺癌、prad＝前列腺腺癌、read＝直肠腺癌、skcm＝皮肤黑素瘤、stad＝胃腺癌、thca＝甲状腺癌和ucec＝子宫体子宫内膜样癌。在某些实施例中，目标核酸来自肿瘤，例如先前句子中列出的癌症类型中的一者的肿瘤。
3、在另一实施例中，提供一种探针组，其特异性地识别包含seq id no:1-257中的至少一者(基因融合体)的核酸。在另一实施例中，本文提供一种引物组，其特异性地扩增包括seq id no:1-257中的至少25、30、40、50、75、100、125、150、200个或全部的目标核酸，或扩增seq id no:1-257中的最多25、30、40、50、75、100、125、150、200个或全部。在另一实施例中，本文提供一种qpcr分析，如taqmantm分析或molecularbeaconstm分析，其特异性地扩增且检测包括seq id no:1-257中的至少25、30、40、50、75、100、125、150、200个或全部的目标核酸。
4、本发明还提供一种经分离核酸，其包含选自包括seq id no:1-257中的至少25、30、40、50、75、100、125、150、200个或全部或包括seq id no:1-257中的最多25、30、40、50、75、100、125、150、200个或全部的区段的至少一个序列。经分离核酸可以在5'末端上包括第一引物。此外，核酸可能为单链或双链的。在某些实施例中，经分离核酸包括所对应序列并未在人类基因组中发现的区段，如dna条形码序列。区段的长度可例如为5-10,000、5-5000、5-1000、5-500、5-100、5-50、5-25、5-10、10-10,000、10-5000、10-1000、10-500、10-100、10-50或10-25个核苷酸。
5、在其他实施例中，本发明提供一种试剂盒，其包括一个检测器探针和/或一个探针组，例如一个扩增引物组，其特异性地识别包含选自表1-表3、表19和表22的基因融合体的断裂点的核酸。举例来说，在某些实施例中，所述检测器探针或扩增引物组经设计以扩增和/或检测包括seq id no:1-257中的至少一者的最多25、30、40、50、75、100、125、150、200个或全部的核酸。所述试剂盒可以进一步在一个或多个各别容器中或在相同容器中包括来自扩增反应混合物的至少一种组分，如聚合酶、dntp、逆转录酶和/或udg，通常逆转录酶、聚合酶和udg不来自人类来源。在某些实施例中，dntp包括dutp，且在说明性实例中没有dttp。说明性实施例中的聚合酶是热稳定聚合酶，如taq聚合酶。此外，所述试剂盒可以包括对照核酸。举例来说，对照核酸可以包括包含选自表1-表3、表19和表22的基因融合体中的断裂点的序列，如包括seq id no:1-257中的至少25、30、40、50、75、100、125、150、200个或全部的核酸或包括seq id no:1-257中的最多25、30、40、50、75、100、125、150、200个或全部的核酸。
6、提供一种检测癌症的方法，其包含扩增跨越选自表1-表3、表19和表22的基因融合体中的断裂点的核酸，例如，所述核酸可以包括选自seq id no:1-257的序列；以及检测所述核酸的存在，其中所述核酸的存在指示癌症存在于样品中。在另一方法中，本文提供一种检测选自膀胱癌、结肠癌、乳癌、子宫内膜癌、黑素瘤、卵巢癌、成胶质细胞瘤、神经胶瘤、白血病、肾细胞癌、甲状腺癌和前列腺腺癌的癌症的方法，其包括产生包括选自seq id no:1-257的序列的扩增子，以及检测所述扩增子的存在，其中所述扩增子的存在指示膀胱癌、结肠癌、黑素瘤、卵巢癌、成胶质细胞瘤、肺癌、神经胶瘤、白血病、肾细胞癌、甲状腺癌、子宫内膜子宫内膜样腺癌、乳癌和前列腺腺癌存在于样品中。所述扩增子通常包括经延伸以形成所述扩增子的引物。所述癌症是选自膀胱尿道上皮癌、乳癌、子宫内膜子宫内膜样腺癌、结肠腺癌、多形性成胶质细胞瘤、透明细胞肾细胞癌、乳头状肾细胞癌、急性骨髓性白血病、脑低级别胶质瘤、肺腺癌、卵巢浆液性囊腺癌、前列腺腺癌、直肠皮肤黑素瘤和甲状腺腺体癌。在特定说明性实施例中，所产生的扩增子是dna扩增子，其包括du残基，且在某些实例中不包括dt残基。在此段落中所提供的方法中，扩增子可使用本文提供的反应混合物产生。在某些实施例中，所述方法包括检测跨越选自表1-表3、表19和表22的基因融合体中的断裂点的核酸的表达。用于检测表达的方法通常包括从样品(如肿瘤样品，在说明性实施例中，其可为福尔马林(formalin)固定的样品)分离rna的步骤。
7、在一个实施例中，反应混合物包括选自sybr green、sbyr greener、荧光素(fluorescein)、俄勒冈绿(oregon green)、fam、tet、joe、vic、雅基马黄(yakima yellow)、hex、cy3、bodipy tmr、ned、tamra、cy3.5、rox、德克萨斯红(texas red)、lightcycler red、bodipy 630/650、alexa fluor 647、cy5、alexa fluor660或cy 5.5的染料。在某些实施例中，染料连接于反应混合物中的可检测标记的探针。在其他实施例中，染料直接或经由可检测标记的探针结合于扩增子。
8、提供一种试剂盒，其包含一个探针或一个探针组，例如一个可检测探针或一个扩增引物组，其特异性地识别包含来自表4-6、20和23的断裂点的核酸。所述试剂盒可以在同一容器中或在某些优选实施例中在另一容器中进一步包括来自扩增反应混合物的组分，如聚合酶(通常不来自人类来源)、dntp和/或udg。此外，所述试剂盒可以包括对照核酸。举例来说，对照核酸可以包括包含选自表4-6、20和23的断裂点的序列。
9、在另一实施例中，本文提供一种基因融合体，其包括表1-3、19和22中鉴别的基因融合体。在说明性实施例中，基因融合体包括表4-6、20和23中鉴别的断裂点中的一者。因此，本文提供一种经分离基因融合体核酸，其长度在100与10,000个核苷酸之间且在表4-6、20和23中的断裂点中的一者的任一侧上包含至少25个核苷酸。
10、在一个相关实施例中，本文提供一种经分离基因融合体核酸，其包含表4-6、20和23中的断裂点中的至少一者。在某些实施例中，经分离基因融合体核酸包含seq id no:1-257中的至少25、30、40、50、75、100、125、150、200个或全部或包括seq id no:1-257中的最多25、30、40、50、75、100、125、150、200个或全部的核酸。经分离基因融合体核酸的长度可例如在50与100,000个核苷酸之间、在100与50,000个核苷酸之间、在100与25,000个核苷酸之间、在100与10,000个核苷酸之间、在100与5,000个核苷酸之间、在100与2500个核苷酸之间、在100与1,000个核苷酸之间、在100与500个核苷酸之间、在100与250个核苷酸之间、在100与200个核苷酸之间、在250与10,000个核苷酸之间、在250与5,000个核苷酸之间、在250与1,000个核苷酸之间或在250与500个核苷酸之间。在某些方面中，经分离基因融合体核酸是dna。在某些说明性实施例中，经分离核酸基因融合体没有内含子序列但跨越包括一个或多个内含子的基因组中的区域。在某些实施例中，经分离基因融合体核酸是cdna。
11、在另一实施例中，提供经分离基因融合体核酸，其包含表4-6、20和23中的断裂点中的至少一者。
12、在另一实施例中是一种方法，其通过检测选自表1-表3、表19和表22的基因融合体的存在来检测样品中的选自膀胱尿道上皮癌、乳癌、子宫内膜子宫内膜样腺癌、结肠腺癌、多形性成胶质细胞瘤、透明细胞肾细胞癌、乳头状肾细胞癌、急性骨髓性白血病、脑低级别胶质瘤、肺腺癌、卵巢浆液性囊腺癌、前列腺腺癌、直肠皮肤黑素瘤和甲状腺腺体癌的癌症。
13、本发明提供新颖基因变异体和基因变异体-疾病病况相关性。基因变异体可以具有一个或多个产生变异蛋白的突变。本文提供的基因变异体与某些癌症相关。基因变异体产生蛋白变异体。本发明进一步提供探针(如扩增引物组和检测探针)以及检测、诊断和治疗的方法以及包括或检测本文所公开的基因变异体的试剂盒。
14、在一个实施例中，本发明提供一种组合物和一种试剂盒，其包含特异性地识别编码选自表7和/或表11的基因变异体的核苷酸序列的一个探针组。所述探针组可例如为一个扩增引物组。在另一实施例中，本文提供一种组合物，其包括侧接编码表7和/或表11中的一种或多种变异体的基因变异体的一个引物组。此实施例的反应混合物可以进一步包括检测器探针，其结合于包括选自表7和/或表11的基因变异体的核苷酸序列。包括检测器探针或不包括检测器探针的反应混合物可以进一步包括聚合酶、dntp和/或尿嘧啶dna去糖基化酶(udg)。聚合酶和udg通常不来自人类来源。反应混合物可以进一步包括目标核酸，例如人类目标核酸。人类目标核酸可例如从来自怀疑患有癌症的个体的生物样品中分离。所述癌症可选自：blca＝膀胱癌、brca＝乳癌、cesc＝子宫颈细胞癌、coad＝结肠腺癌、gbm＝多形性成胶质细胞瘤、hnsc＝头颈鳞状细胞癌、kirk＝透明细胞肾细胞癌、kirp＝肾脏肾乳头状细胞癌、laml＝急性骨髓性白血病、lgg＝脑低级别胶质瘤、lihc＝肝脏肝细胞癌、luad＝肺腺癌、lusc＝鳞状细胞肺癌、ov＝卵巢浆液性腺癌、prad＝前列腺腺癌、read＝直肠腺癌、skcm＝皮肤黑素瘤、stad＝胃腺癌、thca＝甲状腺癌和ucec＝子宫体子宫内膜样癌。
15、编码表7和/或表11中的一种或多种基因变异体的核苷酸序列可为涵盖所述变异的任何大小。举例来说，核苷酸序列可为可容易地使用引物拷贝和/或使用探针检测的任何大小。
16、在另一实施例中，提供一种探针组，其特异性地识别编码选自表7和/或表11(基因变异体)的基因变异体的核酸。在另一实施例中，本文提供一种引物组，其特异性地扩增编码选自表7和/或表11的基因变异体的目标核酸。在另一实施例中，本文提供qpcr分析，如(但不限于)taqmantm分析、scorpions分析或molecularbeaconstm分析，其特异性地扩增且检测编码选自表7和/或表11的基因变异体的目标核酸。
17、本发明还提供一种经分离核酸，其包含编码选自表7和/或表11的一种或多种基因变异体的至少一个序列。经分离核酸可以在5'末端上包括第一引物。此外，核酸可能为单链或双链的。
18、在其他实施例中，本发明提供一种试剂盒，其包括一个检测器探针和/或一个探针组，例如一个扩增引物组，其特异性地识别编码选自表7和/或表11的基因变异体的核酸。举例来说，在某些实施例中，检测器探针或扩增引物组经设计以扩增和/或检测编码表7和/或表11中的变异体的核酸。所述试剂盒可以在另一容器中或在同一容器中进一步包括来自扩增反应混合物的组分，如聚合酶(通常不来自人类来源)、dntp和/或udg。此外，所述试剂盒可以包括对照核酸。举例来说，对照核酸可以包括包含选自表7和/或表11的基因变异体的序列。
19、提供一种检测癌症的方法，其包含扩增编码选自表7和/或表11的基因变异体的核酸，例如所述核酸可以包括来自表7和/或表11中的登录号中的一者的序列，除了所述序列含有编码表7和/或表11中的基因变异体的变异体以外；以及检测所述核酸的存在，其中所述核酸的存在指示癌症存在于样品中。在另一方法中，本文提供一种检测癌症的方法，其包括产生包括编码选自表7和/或表11的变异体的序列的扩增子，以及检测所述核酸的存在，其中所述核酸的存在指示癌症或癌细胞存在于样品中。所述扩增子通常包括经延伸以形成所述扩增子的引物。所述癌症是选自膀胱癌、乳癌、子宫颈细胞癌、结肠腺癌、多形性成胶质细胞瘤、头颈鳞状细胞癌、透明细胞肾细胞癌、肾脏肾乳头状细胞癌、急性骨髓性白血病、脑低级别胶质瘤、肝脏肝细胞癌、肺腺癌、鳞状细胞肺癌、卵巢浆液性腺癌、前列腺腺癌、直肠腺癌、皮肤黑素瘤、胃腺癌、甲状腺癌和子宫体子宫内膜样癌。
20、提供一种试剂盒，其包含特异性地识别包含来自表7和/或表11的基因变异体的核酸的一个探针组(例如一个扩增引物组)。所述试剂盒可以在另一容器中或在同一容器中进一步包括来自扩增反应混合物的组分，如聚合酶(通常不来自人类来源)、dntp和/或udg。此外，所述试剂盒可以包括对照核酸。举例来说，对照核酸可以包括包含来自表7和/或表11的基因变异体的序列。
21、在某些实施例中，提供一种探针组，其特异性地识别包含来自表7和/或表11的基因变异体的核酸。
22、在另一实施例中，提供一种基因变异体，其包含表7和/或表11中的基因变异体中的至少一者。
23、在另一实施例中是一种方法，其通过检测选自表7和/或表11的基因变异体的存在来检测样品中的选自膀胱癌、乳癌、子宫颈细胞癌、结肠腺癌、多形性成胶质细胞瘤、头颈鳞状细胞癌、透明细胞肾细胞癌、肾脏肾乳头状细胞癌、急性骨髓性白血病、脑低级别胶质瘤、肝脏肝细胞癌、肺腺癌、鳞状细胞肺癌、卵巢浆液性腺癌、前列腺腺癌、直肠腺癌、皮肤黑素瘤、胃腺癌、甲状腺癌和子宫体子宫内膜样癌的癌症。基因变异体可以包括(但不限于)znf479变异体r11q、r295k、r295t、r295i、r345i、r345t、k438t和t466k。
24、在另一实施例中，提供一种向受试者递送药物的方法，其中所述方法包括检测表15中鉴别的基因事件，且用药物治疗受试者，其中所述药物被认为积极地影响具有所述基因事件的患者的临床结果。在说明性实施例中，基因事件与表8中发现的基因相关，且所述药物在表8中列为所述基因的伴侣。在另一实施例中，本文提供一种判定受试者是否接受药物的方法，所述方法包括检测表15中鉴别的基因事件，且接着如果所检测的基因事件在表15中列为与较差的预后相关，那么向所述受试者递送药物，其中所述药物被认为积极地影响具有所述基因事件的患者的临床结果。在说明性实施例中，基因事件与表8中发现的基因相关，且所述药物在表8中列为所述基因的伴侣。
25、在一个实施例中，提供一种试剂盒，其中所述试剂盒包含一个探针组，其中每一探针与包含来自表4-6、20和23的断裂点的核酸特异性地杂交。
26、在一个实施例中，提供一种方法，所述方法包含：扩增来自样品的包含至少一种来自表1-3、19和22的基因融合体的核酸；以及通过以下各项中的至少一者检测所述至少一种基因融合体的存在：使组合物与至少一种探针接触，其中每一探针与所述核酸特异性地杂交，或观察所述核酸中非天然或非原生化学结构的存在；其中检测所述至少一种基因融合体的存在指示至少一种来自表1-3、19和22的癌症存在于样品中。
27、在一个实施例中，提供一种系统，所述系统包含核酸扩增器，其经配置以扩增来自样品的包含来自表1-3、19和22的至少一种基因融合体的核酸，得到经扩增核酸；检测器，其经配置以通过以下各项中的至少一者检测所述经扩增核酸中的所述至少一种基因融合体的存在：(i)使组合物与至少一种探针接触，其中每一探针与所述核酸特异性地杂交，或(ii)观察所述核酸中非天然或非原生化学结构的存在，且经进一步配置以发送检测指示；以及计算机系统，其经配置以接收所述检测指示且基于所述检测指示来确定来自表1-3、19和22的至少一种癌症存在于所述样品中。
28、在一个实施例中，提供一种非暂时性计算机可读程序存储单元，所述非暂时性计算机可读程序存储单元经指令编码，所述指令当由计算机执行时执行一种方法，所述方法包含：接收包含至少一种癌症类型和事件类型的输入，其中所述癌症类型选自表15，且所述事件类型选自表15；在数据库中查询至少一个包含多个字段的条目，其中所述多个字段包含所述癌症类型和所述事件类型中的至少一者；以及发送包含来自所述至少一个条目的所述多个字段中的至少一个字段的输出，其中所述至少一个字段包含至少一种基因、至少一种可药化基因、至少一种靶向所述至少一种可药化基因的药物、或预后。
29、在一个实施例中，提供一种方法，其中所述方法包含向具有选自表1-3、19和22中列出的基因融合体的至少一种基因融合体的患者投与选自表8、16-17、21和24中列出的药物的至少一种药物。
30、在一个实施例中，提供一种方法，其中所述方法包含使来自患者的核酸样品与包含与第一基因互补的第一引物和与第二基因互补的第二引物的反应混合物接触，其中所述第一基因和所述第二基因的融合体可通过由所述第一引物和所述第二引物生成的扩增子的存在来检测，其中所述融合体包含选自表4-6、20和23中列出的断裂点的断裂点。
31、在一个实施例中，提供一种非暂时性计算机可读程序存储单元，所述非暂时性计算机可读程序存储单元经指令编码，所述指令当由计算机执行时执行一种方法，所述方法包含：接收来自至少一种癌细胞系的rna序列数据；对所述序列数据运行至少一种基因融合体调用程序，以鉴别所述经处理数据中的融合基因之间的可能的断裂点；过滤所述可能的断裂点以保留候选断裂点，其中每一候选断裂点是在功能基因区的5'非翻译区(utr)或编码dna序列(cds)中，且每一候选断裂点不出现在内含子中；用适用于针对癌症诊断、癌症预后或癌症治疗中的至少一者测定基因融合体的相关性的至少一种注释对所述候选断裂点进行注释，其中所述基因融合体包含所述候选断裂点。
32、在一个实施例中，提供一种非暂时性计算机可读程序存储单元，所述非暂时性计算机可读程序存储单元经指令编码，所述指令当由计算机执行时执行一种方法，所述方法包含：接收来自至少一种癌细胞系的突变数据；用变异体分类、变异体位置或变异体变化中的至少一者对所述突变数据进行注释，得到经注释的突变数据；过滤所述经注释的突变数据，得到基因区域突变数据；将所述基因区域突变数据归类为热点、有害或其他；以及基于所述基因中的突变相对频率和所述基因中所有基因区域突变的分类，将包含所述基因区域突变的基因命名为获得功能、失去功能或再现的其他基因。
33、在一个实施例中，提供一种方法，所述方法包含检测来自受试者的样品中的一种或多种基因融合体，得到基因融合体检测数据，其中所述基因融合体中的至少一者是选自表1-3、19和22中列出的基因融合体，通过计算机系统接收所述基因融合体检测数据，以及基于所述基因融合体检测数据，通过所述计算机系统确认推荐给所述受试者的至少一种治疗选择。
34、在一个实施例中，提供一种系统，所述系统包含检测器，其经配置以(i)检测来自受试者的样品中的一种或多种基因融合体，得到基因融合体检测数据，其中所述基因融合体中的至少一者选自表1-3、19和22中列出的基因融合体和(ii)发送所述基因融合体检测数据；以及计算机系统，其经配置以接收所述基因融合体检测数据且基于所述基因融合体检测数据来确认推荐给所述受试者的至少一种治疗选择。
35、在另一实施例中，提供新颖tp53 wt基因标签以及检测表40中的tp53 wt基因标签基因中的一者或多者的表达水平的方法。
1.一种组合物，其包含多个探针，其中所述多个探针包含一个或多个探针组，其中每个探针组与第一基因和第二基因的基因融合体特异性地杂交，其中所述第一基因和所述第二基因的所述基因融合体包括以下的一种或多种：prkar1a/alk、ncoa1/alk、lpp/casr、mdm2/egfr、fgfr3/elavl3、b2m/gnas、dock8/jak2、hnf1b/notch1、nfasc/ntrk1、ssbp2/ntrk1、sqstm1/ntrk1、tbl1xr1/pik3ca、akap13/ret、fkbp15/ret、tbl1xr1/ret、cep85l/ros1、clcn6/raf1、trak1/raf1、prkaca/akt1、prkaca/akt2、mll/fyn、echd1/fyn、以及ttc13/jak2。
2.根据权利要求1所述的组合物，其中每一基因融合体包括表4和表5中提供的对应断裂点。
3.根据权利要求1所述的组合物，其中每一基因融合体包括seq id no:2-27中提供的对应断裂点序列。
4.一种试剂盒，其包含权利要求1所述的组合物。
5.根据权利要求4所述的试剂盒，其中每一探针包含共价键结于核酸序列的可检测部分。
6.根据权利要求4所述的试剂盒，其中每一探针包含脱氧核糖核酸序列，其包含至少一个脱氧尿苷残基代替一个脱氧胸苷残基。
7.权利要求1所述的组合物在制备用于检测来自受试者的生物样品中的一种或多种基因融合体的试剂盒中的用途，其中通过利用使用与所述基因融合体特异性地杂交的对应探针组通过所述基因融合体的扩增生成的扩增子的存在来检测每一基因融合体，并且其中使用单个扩增反应来进行所述一种或多种基因融合体的扩增。
8.根据权利要求7所述的用途，其中所述检测是通过包括以下步骤的方法进行的：
9.根据权利要求7所述的用途，其中所述检测是通过包括pcr和/或测序的方法进行的，所述pcr包括定量实时pcr，所述测序包括下一代测序。
10.根据权利要求7所述的用途，其中所述样品是肿瘤样品。
