本申请属于生物,具体涉及一种测序酶反应缓冲液及测序酶活性检测方法。
背景技术:
1、sbs(sequencing-by-synthesis)是一种基于边合成边测序的新型测序技术。通过单分子阵列实现在小型芯片(flowcell)上进行桥式pcr反应。通过可逆阻断技术实现每次测序酶只合成一个碱基,再利用相应的激光激发荧光集团,捕获激发光,从而读取碱基信息。因为酶的筛选如果通过上测序仪验证会比较费时费力,因而需要一个合适的液相活性测定方法,添加一个碱基目前市场上无一个较为合适和直观的验证办法。
2、目前市场上多数公司是采用fret荧光共振方法来检测测序酶功能,通过在碱基上修饰荧光基团,然后在测序过程中利用dna聚合酶聚合带荧光的碱基(dntp),从而通过酶标仪检测荧光来判断测序酶性能。另外一种是在引物5’末端设计一个未配对的碱基且带有一个荧光猝灭基团,再加入对应的荧光标记的碱基底物,将待检测酶与上述两者混合,若酶有活性,会将未配对碱基聚合到引物的3’端,此时荧光基团与引物5’端的荧光淬灭基团距离较近,导致荧光被淬灭掉,在酶标仪上检测,会出现荧光信号下降,假如dna聚合酶没有活性,则荧光信号值不会出现下降的情况。目前常用的技术需要使用酶标仪,设备昂贵。
3、目前常用技术需要荧光标记的碱基,成本更高。目前的方法基本是基于荧光标记的方法,因此不能检测可逆封闭非荧光标记的dntp(cold dntp)的延伸能力。
技术实现思路
1、基于此,本申请有必要提供一种测序酶反应缓冲液及一种测序酶活性的检测方法,该检测方法能够简单便捷地检测测序酶延伸一个碱基能力,特别是延伸cold dntp的能力,且检测结果和上机测试结果相相对应。
2、技术方案包括如下:
3、测序酶反应缓冲液,所述测序酶反应缓冲液包括如下组分:50mm-500mm tris-hcl、100mm-500mm硫酸铵、10mm-50mm硫酸镁和10%v/v-50%v/v dmso,ph值为7.2-9.0。
4、在其中一个实施例中,包括如下组分:200mm-300mm tris-hcl、100mm-200mm硫酸铵、40mm-50mm硫酸镁和25%v/v-40%v/v dmso,ph值为8.6-9.0。
5、在其中一个实施例中,还包括氯化钠、edta和吐温-20中的至少一个。
6、可选地,在测序酶反应缓冲液中所述氯化钠的浓度不大于250mm。
7、可选地,在测序酶反应缓冲液中所述edta的浓度不大于5mm。
8、可选地,在测序酶反应缓冲液中所述吐温-20的浓度为0.25%v/v-1%v/v。
9、在其中一个实施例中,测序酶活性的检测试剂盒,所述试剂盒包括所述的测序酶反应缓冲液。
10、在其中一个实施例中,所述试剂盒还包括:
11、至少一种引物,所述引物退火之后形成茎环结构,茎环结构之外的5’末端多出一个未配对的碱基,所述未配对的碱基选自a、c、g和t中的任一种;和/或,
12、至少一种测序用碱基底物,所述测序用碱基底物为dttp、dctp、datp和dgtp中的任一种。
13、可选地,所述测序用碱基底物为dttp、dctp、datp和dgtp 四种;和/或,所述引物包括四种不同引物,每种引物的5’末端突出一个未配对的碱基,分别为a、c、g和t碱基。
14、测序酶活性的检测方法,包括如下步骤:
15、制备退火后的引物,所述引物退火之后形成茎环结构,茎环结构之外的5’末端突出一个未配对的碱基,所述未配对的碱基选自a、c、g和t中的任一种;
16、将包括待检测的测序酶、退火后的引物、测序用碱基底物以及所述的测序酶反应缓冲液混合至一起构成检测体系,进行延伸反应;其中,测序用碱基底物选自dttp、dctp、datp和dgtp中的至少一种,且能够与所述引物中5’末端未配对的碱基配对;以及
17、延伸后的产物经非变性胶检测。
18、在其中一个实施例中,所述测序用碱基底物为cold碱基或hot碱基。
19、在其中一个实施例中,测序酶为dna聚合酶,所述dna聚合酶包括klenow片段、t4聚合酶、bst聚合酶、taq聚合酶、vent聚合酶、deep vent聚合酶、pfu聚合酶、tfl聚合酶、9°n聚合酶和kod聚合酶、taqgold、vent(exo-)、pfu(exo-)及其突变体或衍生物。
20、在其中一个实施例中,退火后的引物制备步骤包括将退火体系置于70℃-74℃温度下反应3min-6min,其中,退火体系包括1× dna退火缓冲液和8μm-12μm所述引物。
21、在其中一个实施例中,所述退火后的引物在检测体系中的浓度为0.8μm-2.0μm;和/或,
22、所述测序用碱基底物在检测体系中的浓度为0.5μm-3.5μm;和/或,
23、所述测序酶反应缓冲液在检测体系中的浓度为0.5×-1.5×;和/或,
24、所述测序酶在检测体系中的浓度为0.00575mg/ml-0.069mg/ml。
25、在其中一个实施例中,延伸反应的条件包括于40℃-70℃反应25s-35s。
26、相对于传统技术,本申请具备如下有益效果:
27、本申请提供一种测序酶活性的检测方法,该方法操作简单、经济便利、成本低,不仅能够检测hot碱基延伸能力,还能够检测cold碱基延伸能力。该方法可以作为一种测序酶质量控制的方法和标准,也可以利用该方法研究碱基延伸偏好性。
28、进一步本申请通过对测序酶反应缓冲液进行优化,能够筛选获得更好性能的测序酶。
1.测序酶反应缓冲液,其特征在于,所述测序酶反应缓冲液包括如下组分:
2.根据权利要求1所述的测序酶反应缓冲液,其特征在于,包括如下组分:200mm-300mmtris-hcl、100mm-200mm硫酸铵、40mm-50mm硫酸镁和25%v/v-40%v/v dmso,ph值为8.6-9.0。
3.根据权利要求1或2所述的测序酶反应缓冲液,其特征在于,还包括氯化钠、edta和吐温-20中的至少一个;
4.测序酶活性的检测试剂盒,其特征在于,所述试剂盒包括权利要求1-3任一项所述的测序酶反应缓冲液。
5.根据权利要求4所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括:
6.测序酶活性的检测方法,其特征在于,包括如下步骤:
7.根据权利要求6所述的检测方法,其特征在于,测序酶为dna聚合酶,所述dna聚合酶包括klenow片段、t4聚合酶、bst聚合酶、taq聚合酶、vent聚合酶、deep vent聚合酶、pfu聚合酶、tfl聚合酶、9°n聚合酶和kod聚合酶、taqgold、vent(exo-)、pfu(exo-)及其突变体或衍生物。
8.根据权利要求6或7所述的检测方法,其特征在于,退火后的引物制备步骤包括将退火体系置于70℃-74℃温度下反应3min-6min,其中,退火体系包括1× dna退火缓冲液和8μm-12μm所述引物。
9.根据权利要求6或7所述的检测方法,其特征在于,所述退火后的引物在检测体系中的浓度为0.8μm-2.0μm;和/或,
10.根据权利要求6或7所述的检测方法,其特征在于,延伸反应的条件包括于40℃-70℃反应25s-35s。
